求助如何利用gmx设置核酸分子所带电荷数

duzy · 发表于 Post on 2023-2-15 15:58:02

各位老师好，蛋白质可以通过类似-lys、-glu等氨基酸残基设置蛋白质的电荷数量和位点，那么核酸该如何设置呢，有没有类似的方法使得核酸链上也带上自己想要的电荷，而不是默认的电荷数？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-2-15 16:50:41

你想要什么样的电荷数？核酸的每个残基中各个原子的电荷是拟合力场参数的时候就设置好的，如果要是末端你去看一下有没有相应的处理方法，没有可以在相应的tdb文件里添加

duzy · 发表于 Post on 2023-2-16 00:45:20

喵星大佬发表于 2023-2-15 16:50
你想要什么样的电荷数？核酸的每个残基中各个原子的电荷是拟合力场参数的时候就设置好的，如果要是末端你去 ...

老师您好，我是想要模拟一下核酸中磷酸基团在不同酸碱环境中带不同负电荷时导致核酸带不同负电荷的情况，一开始想要仿照蛋白设置氨基酸残基电荷那样逐个设置氨基酸电荷从而设置蛋白质整体的不同的电荷数，但是对于核酸尝试一下无法设置电荷。我找了一下有很多tdb文件，想问一下这个tdb文件是哪个目录下的文件，该如何修改，用的charmm36力场。我是小白，刚刚从师兄手里接触gmx和这个领域，还不太清楚底层逻辑，请老师指教。

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-16 05:44:06

自己给rtp文件里添加相应质子化态的核苷的定义，专门起个残基名，把pdb里相应残基也用那个残基名就行了。也即定义非标准残基

duzy · 发表于 Post on 2023-2-18 16:35:05

sobereva 发表于 2023-2-16 05:44
自己给rtp文件里添加相应质子化态的核苷的定义，专门起个残基名，把pdb里相应残基也用那个残基名就行了。也 ...

老师您好，用您的方法尝试后有一个这样的报错，不知道是为什么，该如何解决。

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-19 01:30:54

duzy 发表于 2023-2-18 16:35
老师您好，用您的方法尝试后有一个这样的报错，不知道是为什么，该如何解决。

大抵rtp里的非标准残基没定义对，相对于结构文件里的相应残基少了原子，仔细检查

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