计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9745|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:结果中磷酸根离子变形严重

[复制链接 Copy URL]

5

帖子

0

威望

43

eV
积分
48

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
用gromacs研究水溶液中铁离子、羟基、磷酸根和硫酸根的相互吸引,通过amber加acpype.py得到除铁离子外其他离子的ipt文件,整理成topol.top,并通过packmol完成建模。磷酸根的ipt和topol如下图
能量最小化,nvt,npt和算了1ns的结果中的磷酸根离子均变形严重,如下图

UUTMYQ}BCK82T565QOTR]LV.png (69.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

UUTMYQ}BCK82T565QOTR]LV.png

F$FMGLZL]OW11I(3)JN1DDF.png (39.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

F$FMGLZL]OW11I(3)JN1DDF.png

CIGL8HX3M7NI~`H{86D~8CQ.png (65.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

CIGL8HX3M7NI~`H{86D~8CQ.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125131

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-12-24 13:09:57 | 只看该作者 Only view this author
给你个我自己建立的能合理模拟的硫酸根的itp
SO42-.itp (1.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

是基于acpype产生的拓扑信息,原子电荷是用Multiwfn按下文算的RESP电荷
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

43

eV
积分
48

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-24 14:04:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 暮山 于 2020-12-24 14:05 编辑
sobereva 发表于 2020-12-24 13:09
给你个我自己建立的能合理模拟的硫酸根的itp

老师 我这个是磷酸根有问题  硫酸根没啥问题 ipt是通过amber+acpype得到的 电荷是通过guassion先结构优化得到fch,再把fch导入到Multiwfn中 7 .18. 1算出来的

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125131

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2020-12-24 14:10:16 | 只看该作者 Only view this author
把问题简化,把其它阴离子都去掉。把动力学的输出坐标的步数间隔设小,仔细看轨迹判断磷酸根的结构是怎么变化的。亦考虑加大键角力常数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 06:49 , Processed in 0.166177 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list