求助，使用molculs和mopac进行双分子构象搜索出现问题

莫落 · 发表于 Post on 2019-7-14 19:32:09

使用molculs和mopac进行双分子构象搜索时，使用PM6 D3H4进行结构优化，出现分子断键的情况。
不知道能否实现在保持两个分子结构不变的情况下进行优化？
比如A1分子和A2分子结构保持完整，对产生的不同构型之间的位置优化？

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-14 20:02:07

如果初始结构合理（比如两个分子间没有过近接触，也没有过长的化学键），而且设定合理（特别是注意原子电荷、自旋多重度），正常情况下不会出现这种问题。应当先进行仔细检查。如果说不清楚就把template.mop以及你的traj.xyz都上传我看看

莫落 · 发表于 Post on 2019-7-14 23:43:43

本帖最后由莫落于 2019-7-14 23:45 编辑

我就是用genmer产生的二聚体构型，traj.xyz我用VMD查看过没有问题，template.mop见附件

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-15 01:04:56

莫落发表于 2019-7-14 23:43
我就是用genmer产生的二聚体构型，traj.xyz我用VMD查看过没有问题，template.mop见附件

mop本身没问题
你可以让molclus备份输出文件，然后看优化轨迹，看那些跑散的体系到底优化过程中结构怎么变的、为什么跑散。
如果确认是MOPAC不合理，改用xtb再试

莫落 · 发表于 Post on 2019-7-15 11:41:58

好的，谢谢社长

莫落 · 发表于 Post on 2019-7-15 17:39:35

sobereva 发表于 2019-7-15 01:04
mop本身没问题
你可以让molclus备份输出文件，然后看优化轨迹，看那些跑散的体系到底优化过程中结构怎么 ...

社长，为什么我让molclus备份mopac优化的输出文件，里面没有优化轨迹呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-15 20:22:21

莫落发表于 2019-7-15 17:39
社长，为什么我让molclus备份mopac优化的输出文件，里面没有优化轨迹呢？

MOPAC优化轨迹怎么看，看此文
MOPAC2XYZ：将MOPAC的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的工具
http://sobereva.com/212

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