计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10198|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[程序/脚本开发] 【求助】写python脚本用MMPBSA计算蛋白apo和结合底物两个状态的自由能变化

[复制链接 Copy URL]

5

帖子

0

威望

81

eV
积分
86

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本人之前做生物实验的,后来转去生物信息,对分子力学这块儿了解的特别少。老板让我自己写python脚本,去计算蛋白apo状态(没有底物结合)和结合了底物分子(holo)两个状态的自由能变化。我看了一些文献,也看了Amber的MMPBSA.py脚本,但是还是一头雾水,所以想请教一下各位以下几个问题:
1:蛋白真空和溶剂化状态到底是如何获得的?有何区别?

2:我采集了蛋白apo和holo两个状态的蛋白构象(用Gromacs)获得了ndx文件、xtc文件、还有各个构象的pdb文件。想请教一下我如果要计算MMPBSA的话,需要从这些文件中提取哪些参数,如何利用这些文件,或者我还缺少哪些参数?

以上问题我也查了好久一直没有结果,希望各位可以帮助解答,非常感谢!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-11-11 10:31:47 | 只看该作者 Only view this author
1 看你是否考虑溶剂模型,一般用GBSA和PBSA

2 gromacs没法直接做MMPBSA,有第三方的g_mmpbsa和GMXPBSA可以用。要么转换成amber格式用amber的MMPBSA跑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

81

eV
积分
86

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-11 10:43:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-11 10:31
1 看你是否考虑溶剂模型,一般用GBSA和PBSA

2 gromacs没法直接做MMPBSA,有第三方的g_mmpbsa和GMXPBSA可 ...

谢谢老师!
还想请问一下老师,老板要我用python脚本计算mmpbsa这个可以实现吗?
用脚本分别计算MM,极性部分,非极性部分。如果可以计算的话,我手里的ndx,xtc文件中的参数可以使用吗?
非常感谢您!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2019-11-11 11:24:01 | 只看该作者 Only view this author
liyunecho 发表于 2019-11-11 10:43
谢谢老师!
还想请问一下老师,老板要我用python脚本计算mmpbsa这个可以实现吗?
用脚本分别计算MM,极 ...

都有现成的,干嘛自己写?自己写而且没经验的话,至少先把现成的代码用一用,有感觉了,这样自己写也容易得多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

81

eV
积分
86

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-11 12:31:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-11 11:24
都有现成的,干嘛自己写?自己写而且没经验的话,至少先把现成的代码用一用,有感觉了,这样自己写也容易 ...

好的,谢谢您!
我再去了解一下。

16

帖子

0

威望

818

eV
积分
834

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2019-12-18 09:34:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-11 11:24
都有现成的,干嘛自己写?自己写而且没经验的话,至少先把现成的代码用一用,有感觉了,这样自己写也容易 ...

你好,老师一些我们常用的python脚本去哪里找

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2019-12-19 18:06:26 | 只看该作者 Only view this author
a815648905 发表于 2019-12-18 09:34
你好,老师一些我们常用的python脚本去哪里找

google
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 12:18 , Processed in 0.157578 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list