求助蛋白质在醋酸与水混合溶液中进行模拟添加有机溶剂的问题

tww

本人萌新，准备对蛋白质在醋酸与水混合溶液中进行模拟，现在有以下几个问题想进行请教：1、处理完我们自己设定的力场后，通过gmx x2top指令带入蛋白质的.gro文件并选择前面设定的力场，后面再加入水分子，就算是将蛋白质融入到有机水溶液了吗？
2、是通过分子数目来确定最后醋酸与水的比例吗？
（希望各位学友指点迷津，不胜感激！！！）

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“添加自定义有机溶剂”改了，以后务必注意

sobereva

1 蛋白质用的是pdb2gmx产生拓扑文件。x2top明显不是干这个的

按比例添加溶剂最好用packmol，可以直接指定不同类型溶剂分子数
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

2 是

牧生

请教一下大佬，，用packmol得到的盒子，分子往往数量是想要的，但npt以后，盒子大小有可能就变了。
使用-cs命令可以向指定大小的盒子里刚好加满已经平衡处理过的水，且盒子大小不变。

那么，我随便建立了一个盒子，往里面加入200个正己烷，然后能量最小以后，跑npt，得到结构合适的己烷盒子（我理解是相当于spc216.gro）。
下一步，我使用己烷盒子去填充5×5×10的新盒子，    gmx solvate -box 5 5 10 -cs 己烷盒子.gro -p jiwan.top -o jiwan—solv.gro  
原则上，这样得到的是不是就是一个基本合理的，5×5×10基本上填充满的新的己烷盒子？

如果这样可行，推而广之，我可以用这样的方法填充别的种类的有机溶剂，如苯，二甲基亚砜等？

tww

牧生 发表于 2021-6-2 07:09
用packmol得到的盒子，分子往往数量是想要的，但npt以后，盒子大小就变了。
使用-cs命令可以向指定大小的 ...

十分感谢您的回复，我大致读懂您的意思了，packmol建立小盒子，经过处理后小盒子再填充大盒子，然后再加水，我现在的问题是不但要添加有机溶剂，有机溶剂与水的比例还要得到保证，并且还要加入蛋白质分子当溶质，这个时候盒子里面还能放进入蛋白质吗？欢迎讨论

牧生

tww 发表于 2021-6-2 15:26
十分感谢您的回复，我大致读懂您的意思了，packmol建立小盒子，经过处理后小盒子再填充大盒子，然后再加 ...

我以上的回复，是一个提问式讨论。手机上没编辑得当。

你的这个问题更简单。
按摩尔比计算好盒子中醋酸浓度，得到在一个有具体尺寸的盒子里应该加入多少个醋酸分子，多少个蛋白质。
然后用packmol向指定大小的盒子里，加入计算得到的醋酸和蛋白质分子的数量，然后再用-cs命令将盒子填充满即可。。

tww

牧生 发表于 2021-6-2 16:41
我以上的回复，是一个提问式讨论。手机上没编辑得当。

你的这个问题更简单。

非常感谢您的回复，我先尝试您说的方法！！

tww

牧生 发表于 2021-6-2 16:41
我以上的回复，是一个提问式讨论。手机上没编辑得当。

你的这个问题更简单。

请问这个-cs命令具体指哪一个？？

牧生

tww 发表于 2021-6-8 14:27
请问这个-cs命令具体指哪一个？？

http://bbs.keinsci.com/thread-23506-1-1.html


gmx solvate -cp mix.pdb -cs spc216.gro -p topol.top -o 醋酸+蛋白质+水.gro


红色字体表示使用spc216.gro的水盒子去填充旧的“mix.pdb”盒子，得到新的充满水的 “醋酸+蛋白质+水.gro”  盒子
当然，spc216.gro可以换成四点水的tip4p.gro。取决于你想要用哪种水

sobereva

牧生 发表于 2021-6-2 07:09
请教一下大佬，，用packmol得到的盒子，分子往往数量是想要的，但npt以后，盒子大小有可能就变了。
使用-c ...

是
可以