antechamber计算大分子AM1-BCC原子电荷求助

小李马句 · 发表于 Post on 2019-7-15 09:22:30

请问各位大大，我用GView建的由高分子交联的石墨烯大分子，如图所示：

我想计算这个分子的AM1-BCC原子电荷，命令行为：
antechamber -i gpp.mol2 -fi mol2 -o gpp2.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0 -rn gpp2 -pl 20
然后出现了以下提示：

计算一直未出现gpp2.mol2文件，spm.out文件末尾如下图：

gpp.mol2文件请见附件1.

gpp.mol2 (27.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
请问一下为什么gpp2.mol2文件没有出来呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-15 10:04:47

因为里面有很多非典型成键，antechamber处理不了这种情况，要么想办法在gview里修改成键方式（比如把芳环里的都设成单键+虚键），要么用别的方法计算

小李马句 · 发表于 Post on 2019-7-24 09:54:55

sobereva 发表于 2019-7-15 10:04
因为里面有很多非典型成键，antechamber处理不了这种情况，要么想办法在gview里修改成键方式（比如把芳环里 ...

修改后正常了，谢谢社长~

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