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[Amber] 求助!如何在amber中使用AMOEBA力场?

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求助,各位大侠,需要研究在amber中使用AMOEBA力场来模拟显性溶剂下的蛋白,但是我在amber中sleap,source leaprc.amoeba,后无法载入蛋白。在网上也搜索不到amber中AMOEBA力场的具体用法,或者sleap的用法。跪求各位大侠指点,如何在amber中使用AMOEBA力场!

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发表于 Post on 2015-7-27 22:04:05 | 只看该作者 Only view this author
leaprc.amoeba我没亲自用过,或许leaprc.amoeba本身就没有带蛋白相关的东西,建议直接打开此文件看看,有没有载入氨基酸的库之类的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-28 09:07:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-27 22:04
leaprc.amoeba我没亲自用过,或许leaprc.amoeba本身就没有带蛋白相关的东西,建议直接打开此文件看看,有没 ...

报告老师 这个我看了 现在能载入蛋白了 但是水盒子加不上

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-28 10:41:36 | 只看该作者 Only view this author
已解决。感谢帮助

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发表于 Post on 2024-2-28 14:27:21 | 只看该作者 Only view this author
请教一下如何安装amber才能获取leaprc.amoeba这个文件,谢谢。

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