求助gromacs计算阴阳离子质心径向分布函数

soyolalla

     请教一下各位老师，老板让我复现一篇文献，如图所示,我用该命令计算gmx rdf -f li.xtc -s li.tpr -ref "resname li" -sel "resname PF6" -seltype mol_com,以及gmx rdf -f li.xtc -s li.tpr -ref "resname li" -sel "resname EMC" -seltype mol_com,计算，老板说不确定这个命令可以将我体系中所有的离子或者分子识别出来（也就说不确定可以将我一个分子或离子中所有的原子整合最后划分成我原来的分子数174计算174个锂离子和阴离子的质心径向分布函数），想让我只计算一个的（将一个离子或者分子的原子序号建立一个索引文件)，想问一下各位大佬们我原来方法可行吗？还是按照我老板的思路来呢？