计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 6105|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 用VMDrender_full进行渲染求助

[复制链接 Copy URL]

190

帖子

0

威望

1691

eV
积分
1881

Level 5 (御坂)

各位老师 我用gmx_spatial 生成了.cube文件 按照博文的操作用VMD进行渲染 在VMD render之后 双击 VMDrender_full.bat 页面一直卡在下图所示的47% 试了两次都是这样请问 这可能是哪里有问题 我去修改一下本来想上传cube文件 但有300多M 传不上来实在抱歉


还有想问一下 用gmx_spatial 生成的.cube在VMD里显示为什么不是很光滑 见图2 我是用100nsMD输出的.xtc进行生成的谢谢

QQ截图20190911130130.png (41.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

QQ截图20190911130130.png

QQ截图2.png (492.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

QQ截图2.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-9-11 23:28:02 | 只看该作者 Only view this author
把-fullshade去掉再试,否则可能耗时过高看起来像卡住
也可以尝试把vmd脚本里set mater Glossy去掉而用默认的Opaque

不光滑是因为采样不充分,或者计算方式有问题,或者等值面设置不合理

最好手动在VMD里操作显示等值面,反复调节isovalue找到最合适的

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

190

帖子

0

威望

1691

eV
积分
1881

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-11 23:43:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-11 23:28
把-fullshade去掉再试,否则可能耗时过高看起来像卡住
也可以尝试把vmd脚本里set mater Glossy去掉而用默 ...

谢谢卢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 06:24 , Processed in 0.198922 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list