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[Amber] 求助:怎么计算轨迹每一帧的碱基堆积相互作用?

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如题,用RDG貌似只能计算一个稳定结构的弱相互作用,一段DNA在一段轨迹中,两个堆积的碱基不会一直处于稳定状态,这种情况下,怎么获得每一个时刻的堆积相互作用?

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发表于 Post on 2019-9-20 21:07:50 | 只看该作者 Only view this author
如果这轨迹是用MD生成的话 一般力场都已pipi堆积描述的很差

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发表于 Post on 2019-9-20 23:14:09 | 只看该作者 Only view this author
在gromacs里可以把两个碱基定义为两个能量组,考察它们之间范德华作用
PS:至于单一时刻,可以直接用Multiwfn的EDA-FF能量分解(http://sobereva.com/442
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-21 09:44:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-20 23:14
在gromacs里可以把两个碱基定义为两个能量组,考察它们之间范德华作用
PS:至于单一时刻,可以直接用Multi ...

通过gmx计算两个组的范德华相互作用再加上两个组的静电相互作用可以近似认为是pipi堆积作用吗,这种方法算静电相互作用是不是不准?

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发表于 Post on 2019-9-23 07:56:38 | 只看该作者 Only view this author
16aDream 发表于 2019-9-21 09:44
通过gmx计算两个组的范德华相互作用再加上两个组的静电相互作用可以近似认为是pipi堆积作用吗,这种方法 ...

pi-pi堆积本质是色散作用,色散作用是范德华作用里面的1/r^6部分,跟静电作用毫无关系。作用本质在此文说了
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-23 16:36:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-23 07:56
pi-pi堆积本质是色散作用,色散作用是范德华作用里面的1/r^6部分,跟静电作用毫无关系。作用本质在此文说 ...

谢谢老师,还有一个问题,我想扫描一下碱基平面打开过程氢键和堆积作用破坏过程的能量变化,那么用哪种方法比较推荐?1.MOPAC的PM6-D3H4 2.orca的半经验 3.gen-xtb 这三种都得从头学所以想找一个最好上手的

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发表于 Post on 2019-9-23 18:27:31 | 只看该作者 Only view this author
16aDream 发表于 2019-9-23 16:36
谢谢老师,还有一个问题,我想扫描一下碱基平面打开过程氢键和堆积作用破坏过程的能量变化,那么用哪种方 ...

看体系大小、要求的精度
ORCA支持的半经验算这个能用的一个都没有
gen-xtb没听说过这东西
PM6-D3H4一般可以给出定性正确的结果,别指望精度有多高
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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