gromacs分离CO2/N2, 遇到了CO2分子聚集的现象

lll123 · 发表于 Post on 4 day ago

原因是数据复现不了。之前在gromacs-5.12跑的数据可以正常跨膜传输。但是由于系统中了病毒。重新编译了gromacs-5.12。
现在一样的参数，mdp，一样的模型但是出现了分子聚集的现象。尝试更换了压力耦合器。但是问题也没有解决。

Seyilaxa · 发表于 Post on 3 day ago

施加恒定加速度后不要使用控温，然后把气体建模适当靠近COF试试

sobereva · 发表于 Post on 3 day ago

当前那么大真空区，明显不该用DispCorr = EnerPres
当前没理由用控压，你的mdp里也没控压，用控压的时候不要结合freeze，而应当用位置限制
热浴建议用V-rescale
-DPOSRES意义不明

解决以上问题后，如果还有问题，尝试基于以前跑的模拟的最终结构当初始结构，看看情况什么样

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[GROMACS] gromacs分离CO2/N2, 遇到了CO2分子聚集的现象