关于gromacs中order parameter的问题

syjohn · 发表于 Post on 2018-3-6 13:51:12

本帖最后由 syjohn 于 2018-3-6 13:58 编辑

关于有序度参数的问题，有点迷惑，希望大家解答一下
在辅导班ppt中计算的是Sz，是否说明数值越大膜越稳定？
但是有些文献中计算的是Scd，貌似Scd只越大越不稳定，Sz和Scd之家的差别在什么地方？
所以问问大家。。。

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-6 14:02:13

“稳定”这个词太含糊
只能说Sz越大排列越有序，侧向上看会更紧凑一些

Scd考察的不是C-C与Z轴夹角，而是C-H键与Z轴夹角，示意图：

青青青 · 发表于 Post on 2019-6-26 13:46:07

本帖最后由青青青于 2019-6-26 14:03 编辑

sobereva 发表于 2018-3-6 14:02
“稳定”这个词太含糊
只能说Sz越大排列越有序，侧向上看会更紧凑一些

请问分析得到的序参数的单位是什么呢，有的文献里写（a.u.）是什么意思呢?

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-1 11:01:39

青青青发表于 2019-6-26 13:46
请问分析得到的序参数的单位是什么呢，有的文献里写（a.u.）是什么意思呢?

没有单位，一看公式便知
有些文章瞎写

青青青 · 发表于 Post on 2019-7-1 13:30:51

sobereva 发表于 2019-7-1 11:01
没有单位，一看公式便知
有些文章瞎写

好的，谢谢老师

努力学习 · 发表于 Post on 2021-11-4 10:00:45

青青青发表于 2019-7-1 13:30
好的，谢谢老师

同学，我想请教下，当你用order命令时，索引文件是怎么编写的？是将每个碳原子分成一个组吗？

肥力丝 · 发表于 Post on 2024-5-14 17:09:00

老师请问Scd的计算代码是gmx order -f md.trr -s md.tpr -n order.ndx -o order.xvg -permolecule -radial吗？为什么18个碳原子得出的结果只有15个，诚盼老师的回复。

Rain_yyr · 发表于 Post on 2024-6-23 12:53:33

肥力丝发表于 2024-5-14 17:09
老师请问Scd的计算代码是gmx order -f md.trr -s md.tpr -n order.ndx -o order.xvg -permolecule -radial ...

感觉大概率是索引做错了，贴出你的文件截图才好判断

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