计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8577|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 如何约束防止高斯计算时断键?

[复制链接 Copy URL]

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
构建一个酶催化体系!考虑到计算量,只构建酶催化中心。但是,由于无外围体系的约束,计算的时候,原本应该连接到酶金属中心位点上的键,计算时却断开。其他周围部分(固定被催化分子的位置的约束官能团)却连接上,请问对于此种情况,应该如何计算约束?
谢谢!


1102

帖子

18

威望

6703

eV
积分
8165

Level 6 (一方通行)

計算化学の社畜

2#
发表于 Post on 2019-10-16 16:43:50 | 只看该作者 Only view this author
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
Stand on the shoulders of giants

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-16 17:01:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lao7 于 2019-10-16 17:04 编辑

谢谢!之前没有看到这篇文献。下面我把Sob文章中的一段引述下来,以免遇到类似问题的人,打开本提问感到失望:“...讨论原子间是否成键这个问题前,首先要明确,原子间是否成键,绝对没有一刀切的标准。键本来就是个人为定义的抽象的概念,从实验上也没法直接观测到“键”这个东西,只能通过实验或理论计算得到的一些可观测性质去试图反映,或者通过一些纯理论的分析方法去试图具象化“键”这个概念。因此原子间是否成键,绝对不是一个非黑即白的问题。对明显成键的情况,无论用什么方法去分析讨论,结论都会是“成键了”;对明显没成键的情况,无论用什么方法去分析讨论,结论都会是“没成键”;而对于非典型、模棱两可的“灰色地带”,非要讨论是否成键,是没有太大意义的,而且从不同角度去讨论,结论可能大相径庭。...

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 06:29 , Processed in 0.159585 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list