求助，伞形采样方法计算PMF曲线时得到的histo.xvg只出现一个采样窗口

Eva_Winter · 发表于 Post on 2020-2-28 21:37:26

本帖最后由 Eva_Winter 于 2020-2-28 22:39 编辑

本人新手，跟着网上的教程尝试计算PMF曲线，虽然PMF曲线得到了，但是不知道直方图的结果为什么很奇怪，只有一个窗口（这种情况感觉PMF曲线都应该不完整）？同时，是不是因为计算有误，得到的PMF曲线在\xi=0.5~1 nm左右的范围内也不太对，看右上图里牵引力后期减小，PMF曲线应该下降吧？非常感谢大家帮忙答疑！

lewisbase · 发表于 Post on 2020-2-29 11:52:43

这个图使用xmgrace做的？如果是的话你需要用xmgrace -nxy histo.xvg做最后一个图才能看到所有的窗口。

nwafu-zc · 发表于 Post on 2020-2-29 21:26:22

你好，请问你的教程是在哪里看的能分享一下吗，我想学习gromacs用伞壮取样计算pmf。

Eva_Winter · 发表于 Post on 2020-3-1 12:07:21

lewisbase 发表于 2020-2-29 11:52
这个图使用xmgrace做的？如果是的话你需要用xmgrace -nxy histo.xvg做最后一个图才能看到所有的窗口。

真是非常感谢！现在出现直方图所有窗口结果啦，看着有些位置没有重合，我想也就是为什么我的PMF曲线与想象中的不一样

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[GROMACS] 求助，伞形采样方法计算PMF曲线时得到的histo.xvg只出现一个采样窗口

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