从某个轨迹时间点续跑问题

hogan6789 · 发表于 Post on 2017-11-27 11:19:31

本帖最后由 hogan6789 于 2017-11-27 11:35 编辑

大家好
我目前碰到一个问题,我希望能从原始模拟得到的trr档中的某个frame(300ns)开始续跑,
原始模拟的参数是 timestep:0.001ps nstxout:5000,总模拟时间是3.2us
但我续跑的参数是 timestep:0.0001ps nstxout:10 总模拟时间是100ps

我原先是想用trjconv取300ns的pdb档然后用editconf 转g96档重跑模拟,但我想要用之前各原子的速度,然而我无法取得300ns的state.cpt
后来我查到用tpbconv,但这个指令好像只能续跑mdp参数一模一样的模拟,并不符合我的需求

请问還有什么其他推荐的方法吗?
谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-27 11:34:53

如果你没有令trr中保存速度信息的话，那就肯定没法接着之前的速度续跑。
如果有速度信息的话，可以提出来那一帧的gro文件，基于这个gro结合新的mdp产生tpr继续跑，gro里是有速度信息的，会被利用

hogan6789 · 发表于 Post on 2017-11-27 11:39:08

看来我只能重跑模拟了TT

谢谢老师

hogan6789 · 发表于 Post on 2017-11-29 19:38:34

sobereva 发表于 2017-11-27 11:34
如果你没有令trr中保存速度信息的话，那就肯定没法接着之前的速度续跑。
如果有速度信息的话，可以提出来 ...

老师，我后来发现我有存取速度，然后我将含有速度的gro加入新的mdp，top，itp打包成tpr去模拟
可是我做g_energy分析时
发现初始温度与动能跟原模拟300ns的时不一样，差非常多
请问是代表GROMACS没有读取到分子速度吗？
因为如果有读取到速度，那么分子的动能以及动能影响的温度应该要与截取的300ns的要差不多呀?

我的步骤是：
1. trjconv -f 5.prod.trr -s 5.prod.tpr -o 5.prod-300ns.gro -b 300000 -e 300000选择CH4组
2. grompp -f 5.prod-300ns.mdp -c 5.prod-300ns.gro -p topol.top -o 5.prod_300ns.tpr
然后mdrun
请问有什么地方我搞错了吗？
谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-30 01:12:10

hogan6789 发表于 2017-11-29 19:38
老师，我后来发现我有存取速度，然后我将含有速度的gro加入新的mdp，top，itp打包成tpr去模拟
可是我做g ...

如果mdp里你设的gen-vel为no（默认情况），输入文件里有速度就会用输入文件里的速度（打开gro，看一下是不是确实有速度的列）

hogan6789 · 发表于 Post on 2017-11-30 10:39:38

gro确实是有速度的列
我用的版本是4.5.5

daydayup · 发表于 Post on 2019-10-20 17:35:53

请问续跑之后tpr文件和之前的用什么命令可以连接起来呢?

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