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[GROMACS] 请教各位,在MD产生相中,如何很好的表征一个长烷基链在溶液下的取向

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现在想研究一个分子的长链在溶液下的取向问题,苦思想找一个什么参数来表征。不知道哪位老师有这方面的经验,求推荐参考文献。非常感谢!

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发表于 Post on 2017-8-25 14:34:18 | 只看该作者 Only view this author
计算惯性矩张量,其三个本征矢叫做惯性主轴或者分子主轴,本征值是绕着相应主轴的转动惯量。转动惯量最小的那个主轴就可以当做是长链分子的朝向。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-26 16:51:32 | 只看该作者 Only view this author
好,非常感谢sob老师!

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发表于 Post on 2019-10-20 19:35:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-25 14:34
计算惯性矩张量,其三个本征矢叫做惯性主轴或者分子主轴,本征值是绕着相应主轴的转动惯量。转动惯量最小的 ...

老师,在VMD中使用measure inertia <sel> [-moments] [-eigenvals] 可以获得一个分子的惯量相关值,请问之后如何利用move命令可以把分子摆正呢?

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发表于 Post on 2019-10-20 19:45:06 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2019-10-20 19:35
老师,在VMD中使用measure inertia  [-moments] [-eigenvals] 可以获得一个分子的惯量相关值,请问之后如 ...

Multiwfn就可以做到
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426http://bbs.keinsci.com/thread-10226-1-1.html
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发表于 Post on 2019-10-20 19:51:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-20 19:45
Multiwfn就可以做到
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426(http: ...

谢谢老师,我是从那篇博文获得的启发;我再研究下如何用VMD脚本实现

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发表于 Post on 2019-10-20 19:56:22 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2019-10-20 19:51
谢谢老师,我是从那篇博文获得的启发;我再研究下如何用VMD脚本实现

用VMD的话,得把inertia返回的3*3矩阵自行扩成4*4变换矩阵,然后用$sel move [变换矩阵] 移动结构
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发表于 Post on 2019-10-20 20:03:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-20 19:56
用VMD的话,得把inertia返回的3*3矩阵自行扩成4*4变换矩阵,然后用$sel move [变换矩阵] 移动结构

可以使用transvec 可以获得将X轴指向某一惯性主轴的矩阵,请问YZ轴呢?

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发表于 Post on 2019-10-21 07:01:46 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2019-10-20 20:03
可以使用transvec 可以获得将X轴指向某一惯性主轴的矩阵,请问YZ轴呢?

之后再用transaxis产生对应绕着特定的轴旋90度的矩阵,然后作用上去就能起到相同效果
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发表于 Post on 2019-10-21 09:10:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-21 07:01
之后再用transaxis产生对应绕着特定的轴旋90度的矩阵,然后作用上去就能起到相同效果

谢谢老师,我试验试验

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