计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2934|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:IFF力场配置适用于三乙醇胺吗?

[复制链接 Copy URL]

11

帖子

0

威望

173

eV
积分
184

Level 3 能力者

IFF力场配置适用于三乙醇胺吗?我想模拟水结冰,把硅酸钙排挤出,然后加入三乙醇胺对比影响,用MS在pcff力场下建盒子,输出.car和.mdf,用interfaceff2gro.py文件转化出itp、gro和top文件。一直出现各种错误,改了.py和.prm也是转化不出。请问是需要改什么参数?

QQ图片20220601113349.png (12.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

QQ图片20220601113349.png

charmm27_interface_v1_5.prm

196.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

interfaceff2gro.py

22.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

mix.car

347.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

mix.mdf

268.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

878

帖子

17

威望

5433

eV
积分
6651

Level 6 (一方通行)

小屁孩

2#
发表于 Post on 2022-6-1 12:19:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-6-1 12:21 编辑

interfaceff2gro.py仅适用于CHARMM力场,且原子类型必须被一同提供的prm文件包含。你的需求可能满足不了。可以试试在MS中基于CHARMM-IFF力场建模

202206011217051513..png (60.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

202206011217051513..png

202206011219486811..png (121.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

202206011219486811..png
- 向着虚无前进 -

11

帖子

0

威望

173

eV
积分
184

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-1 14:34:55 | 只看该作者 Only view this author
Entropy.S.I 发表于 2022-6-1 12:19
interfaceff2gro.py仅适用于CHARMM力场,且原子类型必须被一同提供的prm文件包含。你的需求可能满足不了。 ...

谢谢,MS上没有CHARMM力场啊。我是按照模拟之家上操作进行的,上面选的是pcff或cvff,我把car文件的原子类型改成了prm上对应的,也是一直报错。

516

帖子

1

威望

4765

eV
积分
5301

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2022-6-1 23:20:58 | 只看该作者 Only view this author
ydyd 发表于 2022-6-1 14:34
谢谢,MS上没有CHARMM力场啊。我是按照模拟之家公众号上操作进行的,上面选的是pcff或cvff,我把car文件 ...

有机小分子用cgenff

11

帖子

0

威望

173

eV
积分
184

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-3 12:24:45 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2022-6-1 23:20
有机小分子用cgenff

谢谢,我先查一下cgenff力场。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 13:17 , Processed in 0.178120 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list