求助：用molclus对分子团簇进行构型搜索结果很奇怪

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-3-14 13:13:05

我想用molclus产生1个锂离子和10个dmso分子混合的能量最低的团簇来作为锂离子考虑显示溶剂模型的结构，产生了100个结构，能量最低的构型如下。不知道这个构型合不合理？感觉很奇怪，为什么锂离子周围只有一半的区域有dmso分子包裹？所有的输入输出文件见附件

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-3-14 16:25:50

显然不合理。。。。这样的话你的Li一边不就没有显式溶剂了么

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-3-14 17:59:26

喵星大佬发表于 2021-3-14 16:25
显然不合理。。。。这样的话你的Li一边不就没有显式溶剂了么

可是算出来就是这样呀。是100个团簇还不够多吗

exity · 发表于 Post on 2021-3-14 21:54:02

这种建议跑AIMD

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-15 04:53:33

你拿UFF=QEq算这个根本不靠谱，建议改用PM7或者GFN-xTB做预优化
另外，genmer.ini里建议把rmax设小点，使得genmer产生的结构中Li周围总是有DMSO包围

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-15 05:07:31

实际跑了一下，genmer.ini里rmax从你原先的15设小到7，把完全没必要写的rmin去掉了。得到的结构如下所示，可见得到的初始结构就已经很合理了，Li被DMSO充分包着

genmer产生的10个结构：

traj.xyz (39.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

然后用molclus调用xtb 6.4.0在GFN1-xTB下批量优化，跑出来的结构都很合理，Li与氧或硫显著结合。我为了省时间就跑了10个结构，其中能量最低的如下，Li+与三个氧和两个硫结合（其它结构也有与四个氧、或四个氧一个硫结合的）。之后再用DFT refine一下就可以了

isostat产生的文件在此：

cluster.xyz (54.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

这个体系不是非得跑AIMD。用genmer就完全可以很好地搞定

409407227 · 发表于 Post on 2021-3-15 08:59:07

学到了

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