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[Multiwfn使用咨询] 有关Fukin指数计算后画图的问题

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老师你好,我最近在计算一个药物分子的福井指数,先使用高斯软件进行的分子式的结构优化(使用基组B3LYP/6-31G(d,p)),算完后用Multiwfn进行了福井指数计算,可是画出来的图有点怪怪的,感觉有些轨道既不在键上也不在原子上,不知那块有问题?求指教。

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发表于 Post on 2019-10-19 10:30:30 | 只看该作者 Only view this author
8成是求差的两个波函数文件里坐标不对应
对Gaussian不熟的话就加上nosymm,以确保得到的波函数文件里的坐标和输入文件里的坐标严格相同,详见
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-19 10:53:28 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师,请问老师我只会在高斯软件中傻瓜式的选择基组优化分子结构,请问在优化时如何加nosymm?对高斯不是很熟悉

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-19 17:28:23 | 只看该作者 Only view this author
老师,我加了nosymm,发现离的更远了

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发表于 Post on 2019-10-20 00:01:19 | 只看该作者 Only view this author
优化时候加nosymm毫无意义
直接用最新版本Multiwfn的下面文章说的这个功能直接产生Gaussian输入文件,什么也别改
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 09:02:47 | 只看该作者 Only view this author
老师,我是按照你的方法一步步计算的,里面是苯酚的一个示例,也说首先对苯酚中性分子进行结构优化,再有后续的使用Multiwfn计算出概念密度泛函理论中定义的各种量,我就是这样做的才得到了上面的结果,优化时候加和不加nosymm都是有些轨道既不在键上也不在原子上?

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发表于 Post on 2019-10-21 10:16:06 | 只看该作者 Only view this author
tongjifukun 发表于 2019-10-21 09:02
老师,我是按照你的方法一步步计算的,里面是苯酚的一个示例,也说首先对苯酚中性分子进行结构优化,再有后 ...

苯酚显然有pi轨道,pi轨道显然在原子核、键的位置都是节面

优化根本不需要用nosymm
保证对每个态产生波函数的gjf文件里坐标都一样,都写nosymm,最终得到的波函数文件里坐标也必然对应。
Multiwfn载入波函数文件之后进入主功能0也能从文本窗口看到坐标,到底坐标对应不对应将几个文件这部分输出一对照便知
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 10:19:54 | 只看该作者 Only view this author
不好意思老师,我表达有误,我说你提供的例子是苯酚,而我要计算的就是个小分子药物,首先对药物中性分子进行结构优化(使用基组B3LYP/6-31G(d,p)),再有后续的使用Multiwfn计算出概念密度泛函理论中定义的各种量,我就是这样做的才得到了上面的结果,优化时候加和不加nosymm都是有些轨道既不在键上也不在原子上?

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发表于 Post on 2019-10-21 22:56:59 | 只看该作者 Only view this author
tongjifukun 发表于 2019-10-21 10:19
不好意思老师,我表达有误,我说你提供的例子是苯酚,而我要计算的就是个小分子药物,首先对药物中性分 ...

你的体系只要有双键或者芳环,必然很多轨道就会具有一部分或很大部分呈现pi特征,pi区域的显著特点就是不在原子核也不在两个原子连线上

产生出的轨道什么样和用不用nosymm完全没关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-22 18:59:27 | 只看该作者 Only view this author
哦哦,老师的意思是我这样优化分子结构之后再使用Multiwfn计算出概念密度泛函理论中定义的各种量,所画的图pi区域产生出的轨道不在原子核也不在两个原子连线上是正常的了?

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发表于 Post on 2019-10-23 04:51:06 | 只看该作者 Only view this author
tongjifukun 发表于 2019-10-22 18:59
哦哦,老师的意思是我这样优化分子结构之后再使用Multiwfn计算出概念密度泛函理论中定义的各种量,所画的图 ...


建议你看看结构化学书,了解sigma、pi轨道都是什么样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-23 18:06:12 | 只看该作者 Only view this author
还得,非常感谢老师的解答

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