求教关于模拟金属离子液液萃取过程

Ying~

各位老师好，想请假大家一些问题，请多多指教。

【目标】仿照文献图中锂离子被萃取剂选择性萃取过程


【已实施操作】
1、通过packmol建立初始均相体系
通过MS构建了HTTAB、TBP、Li+、Na+、Cl-、H2O结构，导出pdb，packmol的输入文件见附件input.inp
【问题1】
得到的盒子中，Li+、Na+、Cl-三种离子未能均匀分布，请问如何解决？



【问题2】
HTTAB、TBP、Li+、Na+、Cl-分别通过gaussian优化、Multiwfn产生RESP电荷、sobtop产生GAFF力场下的top文件，H2O在top文件中如何正确引用TIP3P力场？

【问题3】
为先略过问题2，我用sobtop产生GAFF力场下H2O的top文件，编写的top文件及所包含的itp如附件所示。进行能量最小化操作时，成功生成minim.tpr文件，运行时出现如下图问题，请问是什么原因？


【其他问题】
在添加离子操作时，显示已成功将100个水分子替换为50个Na+和50个Cl-，top文件被重新，但未有操作成功的结束语句，也没生成新的gro文件。



初次接触分子模拟，问题可能比较浅显，希望能得到各位老师的指导。

sobereva

这是典型错误使用sobtop。注意看ppt：


H2O至少用SPC/E，用OPC3更好。手动恰include到主top文件里就完了

遇到Windows版gmx的程序意外中断，先尝试Linux版

Ying~

sobereva 发表于 2024-9-3 14:23
这是典型错误使用sobtop。注意看ppt：

太感谢社长了，受教了！

zfy524

你好，我想学习一下这篇文章

Ying~

zfy524 发表于 2024-9-14 10:50
你好，我想学习一下这篇文章

论文标题是 Selective recovery of lithium from mother liquor of Li2CO3 by synergistic hydrophobic deep eutectic solvents: Performance and mechanistic insight

zfy524

Ying~ 发表于 2024-10-27 11:08
论文标题是 Selective recovery of lithium from mother liquor of Li2CO3 by synergistic hydrophobic d ...

谢谢您