求助GROMACS计算相互作用能时TMP对其他所有分子之间的静电力都是0

tym1999 · 发表于 Post on 2024-7-22 11:50:37

使用gromacs对体系进行了10ns的平衡模拟以及30ns的产生相模拟后，采用rerun再次模拟进行相互作用能的计算，完成后使用gmx energy 命令进行能量分析，发现该体系中TMP这一类型的分子对其他所有分子之间的静电力都是0，但vdW不为0（统计信息如下图所示），也就是说该体系中TMP与其他分子之间是不存在静电力的，重复模拟了2次，都是同样的结果，但这个结果应该是不正确的，所以想问问这个原因是什么？

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-7-22 13:10:14

检查输入文件TMP类型分子的原子电荷，看上去像是用了全部为0的原子电荷

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[GROMACS] 求助GROMACS计算相互作用能时TMP对其他所有分子之间的静电力都是0

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