计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13998|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合讨论] 前辈们,小型服务器是否需要关闭超线程?

[复制链接 Copy URL]

2

帖子

0

威望

169

eV
积分
171

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位前辈,小生前段时间买了一台小型服务器(2U、24核,系统是Ubuntu16.04 LTS 64位),使用的软件有Gaussian,VASP和FHI-aims,但是感觉运算效率比同样配置的超算中心慢好几倍,是不是超线程的问题,还是并行编译有问题??

希望前辈能够指点一下。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-11-17 16:12:24 | 只看该作者 Only view this author
跟超线程没直接关系,关HT是相当多余(而且被以讹传讹)的事情。只要你分配的核数别超过CPU物理核心数就行
仔细看
正确看待超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

169

eV
积分
171

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-17 16:14:23 | 只看该作者 Only view this author
多谢前辈。

395

帖子

8

威望

3912

eV
积分
4467

Level 6 (一方通行)

石墨

4#
发表于 Post on 2018-11-17 16:18:41 | 只看该作者 Only view this author
0.两台机子,CPU架构、型号是否基本一致?内存是否充裕?对吃I/O的计算,还要考虑硬盘的影响。
1.操作系统、程序版本、编译方式是否一致?
2.计算的对象,资源开销和关键词是否一致?——这个是最大影响。
...
先控制变量,再做测试,不要凭感觉快几倍慢几倍。
正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响:http://sobereva.com/392
自在飞花轻似梦,无边丝雨细如愁。

全自动反应动力学(ReaxFF、AIMD、NEP等)后处理工具网页版:http://cc-portal.xyz/reax_tools

197

帖子

0

威望

4416

eV
积分
4613

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2018-11-17 16:51:14 | 只看该作者 Only view this author
是不是CPU频率太低呀,多任务同时运行的时候计算速度也会下降。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2018-11-18 19:36:01 | 只看该作者 Only view this author
tiandikuoyuan 发表于 2018-11-17 16:51
是不是CPU频率太低呀,多任务同时运行的时候计算速度也会下降。

跟频率无关。只要确保总调用的核数不超过物理核心数就行。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

77

eV
积分
79

Level 2 能力者

7#
发表于 Post on 2019-11-13 20:39:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-18 19:36
跟频率无关。只要确保总调用的核数不超过物理核心数就行。

老师,超算中心的处理器如果支持超线程,软件识别核数翻倍的,那他们会不会按两倍的核时统计呢?花两倍的钱,物理核心只有一个

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2019-11-13 21:56:45 | 只看该作者 Only view this author
韓澤勳 发表于 2019-11-13 20:39
老师,超算中心的处理器如果支持超线程,软件识别核数翻倍的,那他们会不会按两倍的核时统计呢?花两倍的 ...

让使用的程序调用的核数只用物理核心数就完了
如果程序没法改,咨询超算的人
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

465

帖子

1

威望

2318

eV
积分
2803

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2019-11-14 06:45:49 | 只看该作者 Only view this author
韓澤勳 发表于 2019-11-13 20:39
老师,超算中心的处理器如果支持超线程,软件识别核数翻倍的,那他们会不会按两倍的核时统计呢?花两倍的 ...

软件识别核数翻倍是什么意思?我觉得你完全可以提交一个脚本,里面就执行一个命令“lscpu”,然后自己根据输出中的型号去Intel ARK上查呀。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 13:04 , Processed in 0.174225 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list