计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5879|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[波函数分析求助] AIM中在两个原子之间有键临界点,能否说明此处有相互作用

[复制链接 Copy URL]

39

帖子

0

威望

241

eV
积分
280

Level 3 能力者

本帖最后由 夜千 于 2019-11-4 17:08 编辑

各位老师好,
我在分析一个过渡态时,这是一个简单的质子转移反应,发现在非反应位点的H……F之间存在(3,-1),此处的H不参与质子转移反应,参与质子转移反应的H为图中54.57旁边的H,是从CH2转移到N上。具体数值如图一,v(r)值仅为-0.006.AIM图为图二,要分析的HF是71.随后,我将此处CF3基团更改为CH3以及C-(CH3)3,这一步的能垒升高3Kcal.能否通过这个说明此处的HF存在弱相互作用,使这一步反应更容易进行。

我做了RDG等值面图。在HF之间存在绿色区域,、能否结合这两个数据说明CF3与H之间有相互作用,有利于这个质子转移反应的进行。第四个附件是该反应的过渡态

E-TS1-71-HF.png (22.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

E-TS1-71-HF.png

E-TS1-AIM-HF.png (490.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

E-TS1-AIM-HF.png

E-TS1-71-HF-RDG.png (60.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

E-TS1-71-HF-RDG.png

TS1-1-2-C-29315-1-smd-2.rar

126.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-11-5 08:10:54 | 只看该作者 Only view this author
首先要明白,弱相互作用无处不在,这点你如果知道分子力场的非键作用计算公式就会很清楚,这绝对不取决于是否有BCP。而且有BCP也不代表就有显著的弱相互作用,比如两个隔着几埃的He原子之间也照样能找到BCP,但显然弱相互程度几乎可以完全忽略。BCP是从数学层面定义的而非化学或物理层面定义的,只是有的时候能在研究化学问题上用得着而已,不要太教条。

暂且不说C-(CH3)3,毕竟基团尺寸和CF3相差太大,光说换成CH3之后能垒升高,这很难和弱相互作用联想到一起。重点应当放在CH3的电子效应上,即CF3倾向于吸电子,CH3则相对倾向于给电子,这影响旁边CH2上的电子结构,这个碳上电子越多,可能是质子越难转移走的原因。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 04:36 , Processed in 0.161986 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list