g_mmpbsa工具结合GMX程序计算MM和polar组分参数设置问题

jackie

请教下：在使用g_mmpbsa工具结合GMX程序来计算protein-DNA结合能时，遇到以下几个问题：
(1) 其中计算静电和vdW这一项时用的是什么力场(因为在执行g_mmpbsa命令行参数里没有有关力场选择的选项)？
(2) 还有就是是否使用了cutoff值来计算MM部分(教程里也没有关于cutoff值的相关定义参数)？只看到有-rdw，该选项应该是对不认识原子的vdW半径值的定义。


(3) 因为当前计算了protein-DNA作用的一个体系，在做能量分解时发现相离DNA很远的带电氨基酸的值都很大(这种没有在界面作用的氨基酸按道理说贡献的能量很弱或几乎为0才是，很疑惑因此有了上面的两个问题），而且MM/PBSA方法算出的vdW和elec与MD的计算结果相当不一致。究竟是什么原因会导致这种情况出现？
(4) 有关g_mmpbsa初始文献中在描述polar solvation energy计算成分有这样一段话：
"The PB equation is a secondorder nonlinear elliptic partial differential equation. For the case of ϕ (r) ≪ kT, sinh[ϕ(r)] ≈ ϕ(r), the PB equation becomes linear. However, for highly charged systems, the use of the nonlinear PB equation is necessary."
意思是说一般的使用泊松-玻尔兹曼方程求解polar energy时，PB方程成线性；但对于富含带电氨基酸的系统，使用非线性的PB方程求解很有必要。
这个非线性的PB方程需要如何实现，是需要人为给定哪些参数来设置还是程序可以自动判别highly带电体系来求解？