求助MD优化后阴离子结构变形的问题

YoungJoe · 发表于 Post on 2024-9-25 14:18:07

开始输入模型是正八面体的形状：

跑完MD后就变成如下这种了：

用的是OPLSAA力场，离子电荷数*0.7，请问该如何调节呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-25 22:21:14

参考http://sobereva.com/soft/Sobtop里SF6的例子重新产生拓扑文件，用RESP电荷

并且仔细看下文，自觉交代所有细节，诸如拓扑文件产生方式、跑的是什么东西
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

liuxdhs · 发表于 Post on 2024-9-26 09:49:57

PF6-使用oplsaa经常出现这种情况，我使用过lammps跑过oplsaa的pf6-，也使用过gmx跑gaff的pf6-（sobtop）。gmx的pf6-构型保持得最好。但是使用gro2lmp，把sobtop产生得pf6-的力场转换成lammps的data格式时，也会出现这种情况。

YoungJoe · 发表于 Post on 2024-9-28 15:50:56

sobereva 发表于 2024-9-25 22:21
参考http://sobereva.com/soft/Sobtop里SF6的例子重新产生拓扑文件，用RESP电荷

并且仔细看下文，自觉交 ...

谢谢sobereva老师，下次我会规范发帖

YoungJoe · 发表于 Post on 2024-9-28 15:52:30

liuxdhs 发表于 2024-9-26 09:49
PF6-使用oplsaa经常出现这种情况，我使用过lammps跑过oplsaa的pf6-，也使用过gmx跑gaff的pf6-（sobtop）。g ...

我的问题解决了，主要二面角参数不对，OPLSAA给的力场文件里二面角需要自己调整，我是补加三个180度的键角参数就正常了

liuxdhs · 发表于 Post on 2024-12-28 16:37:16

YoungJoe 发表于 2024-9-28 15:52
我的问题解决了，主要二面角参数不对，OPLSAA给的力场文件里二面角需要自己调整，我是补加三个180度的键 ...

你好，可否上传一下data文件？

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