求助：amber动力学模拟续跑

chensy · 发表于 Post on 2019-11-12 19:03:22

各位大神，我在做配体-蛋白分子动力学时，做到20ns，但是因为采样不足，做RMSD分析时还没达到平衡状态，我怎么才能继续做断点续跑，怎么用20ns最后一个轨迹继续分子动力学模拟

puzhongji · 发表于 Post on 2019-11-12 19:25:22

使用上一步产生的rst文件作为初始文件。
pmemd.cuda -O -i S10-Pro01-MD_50ns.in -o S10-Pro01-MD_50ns.out -p AAA.prmtop -c S09-03.rst -r S10-Pro01-MD_50ns.rst -inf S10-Pro01-MD_50ns.mdinfo -x S10-Pro01-MD_50ns.mdcrd

其中 S09-03.rst 是上一步MD生成的rst文件

chensy · 发表于 Post on 2019-11-15 17:05:17

puzhongji 发表于 2019-11-12 19:25
使用上一步产生的rst文件作为初始文件。
pmemd.cuda -O -i S10-Pro01-MD_50ns.in -o S10-Pro01-MD_50ns.ou ...

好的谢谢您的答复

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