求助，给复合物加盒子时遇到dihedral type 模块重复

fwan1006 · 发表于 Post on 2019-11-14 19:57:29

错误的几行，好像是重复对这个类型设置了。

请问老师们，我要怎么改这个东西，删掉其中的几行吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-15 00:14:50

func 9形式的二面角项本身就是多个周期势叠加组合出来的，参考amber99力场的ffnonbonded.itp里的[ dihedraltypes ]。
光从你的图上说不清楚原因，得上传相关文件，说明程序版本

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-11-15 01:57:08

属于同一个二面角的所有信息必须写在一起
比如
A B C D 9 180 1 1
A B C D 9 180 1 2
A B C D 9 180 1 3
E F G H 9 180 1 3
而不是
A B C D 9 180 1 1
A B C D 9 180 1 2
E F G H 9 180 1 3
A B C D 9 180 1 3

而且
A B C D 9 180 1 1
A B C D 9 180 1 2
E F G H 9 180 1 3
D C B A 9 180 1 3
的写法也是不行的

fwan1006 · 发表于 Post on 2019-11-15 11:41:35

sobereva 发表于 2019-11-15 00:14
func 9形式的二面角项本身就是多个周期势叠加组合出来的，参考amber99力场的ffnonbonded.itp里的[ dihedral ...

老师，amber99力场的ffnonbonded.itp里好像没有这一项啊

这四个原子的顺序改了代表的是同一个二面角把？是不是需要把顺序改成一样的再把重复的删除掉呢？

fwan1006 · 发表于 Post on 2019-11-15 11:42:43

wuzhiyi 发表于 2019-11-15 01:57
属于同一个二面角的所有信息必须写在一起
比如
A B C D 9 180 1 1

是不是ABCD的顺序也必须调整一致还要删除重复的？

fwan1006 · 发表于 Post on 2019-11-15 11:50:23

fwan1006 发表于 2019-11-15 11:41
老师，amber99力场的ffnonbonded.itp里好像没有这一项啊
这四个原子的顺序改了代表的是同一个二面角把？ ...

找到了，实在ffbonded.itp里，但是我把同一个二面角的信息放在一起以后还是报相同的错误，还是那几行有问题。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-11-15 17:28:56

fwan1006 发表于 2019-11-15 11:42
是不是ABCD的顺序也必须调整一致还要删除重复的？

要确保
不存在
A B C D ***
D C B A ***
的形式

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