如何用measure hbond命令输出成氢键分子的坐标

Scarlett1 · 发表于 Post on 2017-7-20 15:32:40

最近看到一篇碳纳米管的文献，看到别人做的碳纳米管的氢键个数随着Z坐标的变化，

想做这方面的分析，但是我只能用vmd自带的插件算出氢键个数。确算不出成氢键分子的坐标，苦看vmd user guide好几天，看到measure bonds这个命令

但苦于脚本还是调试不出来，不知道有没有人有关于氢键的脚本供我参靠，感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-21 00:35:08

只定义一个selection时，measure hbonds命令可以给出每一对氢键的氢键给体、氢键受体、氢原子的index。基于index号定义atomselect，借助atomselect get {x y z}命令就可以得到相应原子的坐标。写成脚本没什么复杂的。

这个脚本可以作为一些参考
计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本
http://sobereva.com/54

Scarlett1 · 发表于 Post on 2017-7-21 23:17:03

本帖最后由 Scarlett1 于 2017-7-21 23:33 编辑

sobereva 发表于 2017-7-21 00:35
只定义一个selection时，measure hbonds命令可以给出每一对氢键的氢键给体、氢键受体、氢原子的index。基于 ...

谢谢sob老师您的回答，我今天根据我的体系调试了一下，由于我的水分子在环肽纳米管的内的某些区域是基本不出现的，所以当间隔较小，帧数太少时，

常会出现循环体里没有水分子出现的情况，根据您的脚本，在这个范围内vmd会出现“”expected floating-point number but got "no result"的错误。

并且，下面的分组就不再算了，试着修改了一下“”if {[expr $fps2-$fps1+1]==$nonum} {return "no result"}“的命令也没有成功，还望您指点一二，谢谢老师了

WB1040720479 · 发表于 Post on 2021-12-8 10:08:34

Scarlett1 发表于 2017-7-21 23:17
谢谢sob老师您的回答，我今天根据我的体系调试了一下，由于我的水分子在环肽纳米管的内的某些区域是基本 ...

楼主你这个问题是咋解决的呀

dhdhdh · 发表于 Post on 2022-10-15 10:09:25

WB1040720479 发表于 2021-12-8 10:08
楼主你这个问题是咋解决的呀

我也遇到了同样的问题，请问您找到问题所在了嘛

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