计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11494|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:gromacs的隐式溶剂模拟中Au原子参数缺失

[复制链接 Copy URL]

7

帖子

0

威望

154

eV
积分
161

Level 3 能力者

用隐式溶剂模拟一个蛋白与AuNP体系时,出现如图Au原子参数缺失的错误,但是查文献也没找到相关参数,好几个文献里使用lammps做的隐式溶剂模拟,并没有表明需要什么参数,这样的体系是不是不可以用gmx做隐式溶剂模拟呢?

360截图165406058411089.png (50.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

Fig14

Fig14

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124691

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-12-14 11:42:44 | 只看该作者 Only view this author
gmx自带的力场里本来就没有Au,显然更没有GB参数,没法在GB下跑。要想跑,除了添加Au的原子类型定义以外,还必须自己想办法在gbsa.itp或gb.itp里添加相应的参数(试图Google找)
通常这种问题也没有理由用GB
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 00:21 , Processed in 0.257656 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list