这样的反应过渡态对吗？

ct_2015

RT，我使用TS方法找了如下反应（氢负离子进攻C8碳原子）过渡态1ts2,使用gview查看虚频震动方向，氢原子在C20与C8之间来回摆动（如图ts2.png），不知道找到的TS对不对，谢谢？

sobereva

凡是觉得光看过渡态和虚频方向难以确定过渡态是否正确的时候，就做IRC，如果IRC两端和期望的反应物和产物的结构能对上就说明找对了。

laoman

sobereva 发表于 2015-7-15 03:23
凡是觉得光看过渡态和虚频方向难以确定过渡态是否正确的时候，就做IRC，如果IRC两端和期望的反应物和产物的 ...

大大三更半夜回帖应助，实在难能可贵~~

ct_2015

sobereva 发表于 2015-7-15 03:23
凡是觉得光看过渡态和虚频方向难以确定过渡态是否正确的时候，就做IRC，如果IRC两端和期望的反应物和产物的 ...

谢谢sob老师的回复！我做过IRC了，可是没有运行完就终止了，会出现l202.exe错误。还有就是当那个氢负离子进攻20号碳原子（C20）时，得到的过渡态与1ts2过渡态相同，那是为什么呢？

sobereva

看输出文件弄清楚因什么而终止。
光说lxxx出错没有意义。

初猜结构不合适或者参数不合适，导致收敛到了1ts2。

ct_2015

sobereva 发表于 2015-7-15 11:38
看输出文件弄清楚因什么而终止。
光说lxxx出错没有意义。

会出现“Problem with the distance matrix.”，'l202.exe'错误或者出现“ The SCF is confused.”，l502.exe错误。

我用的irc命令是#p b3lyp/6-31g* irc=(maxpoints=50,rcfc,forward,internal) iop(2/16=1) iop(5/13=1) geom=check guess=check。

IRC输出文件的最后几行如下_firc：
   31  H    0.000000
    32  H    0.000000   0.000000
    33  H    0.000000   0.000000   0.000000
Small interatomic distances encountered:
     2    1

     3    1

     3    2

     4    1

     4    2

     4    3

     5    1

     5    2

     5    3

     5    4

     6    1

     6    2

     6    3

     6    4

     6    5

     7    1

     7    2

     7    3

     7    4

     7    5
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /home/rwshi/soft/g03/l202.exe at Mon Jun 29 05:54:31 2015.
Job cpu time:  0 days  5 hours 40 minutes 11.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    153 Int=      0 D2E=      0 Chk=     28 Scr=      2
                                                                                                 35419,2       Bot

IRC输出文件的最后几行如下_rirc： Cycle  39  Pass 1  IDiag  1:
Restarting incremental Fock formation.
E= -876.315347456347     Delta-E=       -0.000000004583 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 1.13D-06 at cycle  20 NSaved=   7.
NSaved= 7 IEnMin= 7 EnMin= -876.315347456347     IErMin= 1 ErrMin= 1.13D-06
ErrMax= 1.13D-06 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 1.04D-11 BMatP= 1.04D-11
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Coeff-Com: -0.403D-02 0.661D+00 0.610D+01-0.363D+01-0.274D+01 0.264D+00
Coeff-Com:  0.361D+00
Coeff:     -0.403D-02 0.661D+00 0.610D+01-0.363D+01-0.274D+01 0.264D+00
Coeff:      0.361D+00
Gap=     0.041 Goal=   None    Shift=    0.000
RMSDP=4.84D-09 MaxDP=6.95D-07 DE=-4.58D-09 OVMax= 1.80D-06

Density matrix is not changing but DIIS error= 1.13D-06 CofLast= 3.61D-01.
The SCF is confused.
Error termination via Lnk1e in /home/rwshi/soft/g03/l502.exe at Wed Jul 15 04:57:58 2015.
Job cpu time:  0 days 15 hours 13 minutes 32.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    417 Int=      0 D2E=      0 Chk=     28 Scr=      2
"r2ts3B.log" 54053L, 3434043C                                          54053,2       Bot

问题困扰我好久了，sob老师帮我看看错在哪里，怎么解决问题呢？谢谢！

sobereva

绝对不要用iop(5/13=1)！

iop(2/16=1)、IRC里的internal也无意义

应当写guess=read而非=check

改用g09

若还有问题检查IRC最后的结构，看看是否结构变得不合理了。

laoman

看到大大的回复，我附上一个Gaussian iop的说明，如果之前有人发过就请斑竹删掉附件把

ct_2015

laoman 发表于 2015-7-16 09:47
看到大大的回复，我附上一个Gaussian iop的说明，如果之前有人发过就请斑竹删掉附件把

谢谢热心的laoman

ct_2015

sobereva 发表于 2015-7-15 23:06
绝对不要用iop(5/13=1)！

iop(2/16=1)、IRC里的internal也无意义

谢谢sob老师，我再试试！

ct_2015

sobereva 发表于 2015-7-15 23:06
绝对不要用iop(5/13=1)！

iop(2/16=1)、IRC里的internal也无意义

按照sob老师的建议修改参数，改用g09计算，可是刚开始就出错了，如下：
Leave Link    1 at Thu Jul 16 11:20:48 2015, MaxMem=  786432000 cpu:       0.4
(Enter /home/yysheng/software/g09/l101.exe)
-----------------------------
Untitled I Draw Styles-f2ts3B
-----------------------------
Z-Matrix taken from the checkpoint file:
f2ts3B.chk
Illegal MolTyp in RwMol1.
Error termination via Lnk1e in /home/yysheng/software/g09/l101.exe at Thu Jul 16 11:20:49 2015.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     17 Int=      0 D2E=      0 Chk=     28 Scr=      2
"f2ts3B.log" 125L, 5259C                                                                                                                        125,2         Bot
读取检查点文件出错，检查点文件是之前用g03算的，请问我改用g09计算后，之前用g03计算的文件是不是都没用了呀？

sobereva

显然g03和g09的chk不能兼容，修订版不一样一般都不能兼容，何况是大版本不同

直接在输入文件里写明坐标。

ct_2015

sobereva 发表于 2015-7-16 12:32
显然g03和g09的chk不能兼容，修订版不一样一般都不能兼容，何况是大版本不同

直接在输入文件里写明坐标 ...

哦 ，明白了，谢谢！

laoman

ct_2015 发表于 2015-7-16 10:32
谢谢热心的laoman

不用谢我，自己的课题只有靠自己，成天当伸手党是不对的。

ct_2015

laoman 发表于 2015-7-16 15:04
不用谢我，自己的课题只有靠自己，成天当伸手党是不对的。

呵呵