gromas tip4p 水模型计算报错

lqhenwunai

大家好

我正在学习gromacs 2020，尝试用tip4p跑216个水分子的动力学计算

我用软件自带的tip4p.gro作用输入文件，然后运行
gmx pdb2gmx -f tip4p.gro
之后在交互界面中选择15 opls-aa 以及1 tip4p, 得到conf.gro以及topol.top

之后运行
gmx grompp -v -f em.mdp -c conf.gro -p topol.top -o mytest
报错说
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (conf.gro,1080)
                       does not match topology (topol.top,864)


我想这应该是我没有正确指定tip4p中的虚原子。请问应该怎么修改相关文件呢？

谢谢大家。

以下是自带的TIP4P.gro 看起来一切正常。
216 TIP4P Water Molecules Equilibrated for 20 ps at 300 K
  864
    1SOL     OW    1   1.736   0.839   0.257 -0.0525 -0.0128  0.1333
    1SOL    HW1    2   1.777   0.781   0.322  0.3406  0.5030  0.3534
    1SOL    HW2    3   1.643   0.831   0.274  0.0528  0.2742  0.9186
    1SOL     MW    4   1.730   0.831   0.267  0.3505  0.3106  0.0246
    2SOL     OW    5   1.602   0.771   1.252  0.7281 -0.0881 -0.1012
    2SOL    HW1    6   1.557   0.838   1.303 -1.2543  0.2688 -2.1750
    2SOL    HW2    7   1.690   0.807   1.238  0.9846  0.2670  2.0398
    2SOL     MW    8   1.608   0.784   1.256  0.6107 -0.0439 -0.6354

以下是生成的conf.gro。似乎变成了TIP5P?
216 TIP4P Water Molecules Equilibrated for 20 ps at 300 K
1080
    1HO4     OW    1   1.736   0.839   0.257
    1HO4    HW1    2   1.777   0.781   0.322
    1HO4    HW2    3   1.643   0.831   0.274
    1HO4      M    4   1.736   0.839   0.257
    1HO4     MW    5   1.730   0.831   0.267
    2HO4     OW    6   1.602   0.771   1.252
    2HO4    HW1    7   1.557   0.838   1.303
    2HO4    HW2    8   1.690   0.807   1.238
    2HO4      M    9   1.602   0.771   1.252
    2HO4     MW   10   1.608   0.784   1.256







以下是我的top文件：
topol.top:
; Include forcefield parameters
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"

; Include water topology
#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
#include "oplsaa.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
216 TIP4P Water Molecules Equilibrated for 20 ps at 300 K

[ molecules ]
; Compound        #mols
SOL               216

sobereva

别乱用pdb2gmx，当前根本不需要牵扯pdb2gmx

直接手动编辑top文件，include TIP4P的itp，[molecules]里写SOL 216，grompp时结合自带的tip4p.gro就完了