NO分子在zigzag石墨烯边缘吸附问题

Abner

问题1：我最近在计算焦炭-NO异相还原反应，焦炭结构选择的是zigzag石墨烯结构，如图1所示。我在进行NO的气体分子在zigzag结构边缘吸附的过程中发现总是吸附不上去（问过做过相似计算的师兄，他建议我摆放NO分子与zigzag边缘设置到3埃左右，但是这个距离总是吸附不上去，我就选择拉近二者的距离，有时候甚至拉近到1.5埃左右进行结构优化才能成键吸附），请问，计算NO气体分子吸附时位置/距离如何摆放比较好？
问题2：在zigzag结构边缘吸附了一个NO分子后（图2、3所示），我想进行第二个NO分子的吸附（以O-down的方式，O原子与活性空位C原子成键，摆放位置如图5所示），发现吸附后得到的结构（如图6所示，34N原子向右偏）与文献中的结构不一致（如图4中M1结构所示，N原子向左偏，大多文献得到的都是这个结构），并且在两个结构之间并未找到过渡态（文献中的M1结构并不是一个局部极小值，而是某个其他反应的过渡态，导致我没办法计算下一步的N2脱附路径），我对二面角20C-28C-35O-34N进行了柔性扫描（0-180°，15步），能量是单增的。请问一下，为什么我计算的和别人不一样，造成这种结果的原因是什么？我应该从哪些方面分析（比如说电荷、静电势什么的，我不是太懂，其实我是想判断吸附计算时哪两个原子成键，好校正自己NO分子的摆放位置）
注：1 基组和方法：结构优化（包括过渡态搜索）和频率分析：b3lyp/6-31g(d)     单点能计算：b3lyp/def2tzvp  均考虑了DFT-D3(BJ)色散校正；2   zigzag结构边缘选择去掉H作为活性位点（本人研究方向的相关文献均做的此处理） ；3 在不同自旋多重度下进行吸附计算，取能量最低的自旋多重度为基态，然后一直按照此自旋计算。
最后，谢谢大家，如能解答，不胜感激

sobereva

1 对于化学吸附，显然不适合放在3埃，这样有可能得到对应物理吸附的极小点结构

2 你的模型都和文献不一样，应当用更大的石墨烯模型，减小边界效应。

Abner

sobereva 发表于 2020-6-19 21:41
1 对于化学吸附，显然不适合放在3埃，这样有可能得到对应物理吸附的极小点结构

2 你的模型都和文献不一 ...

首先谢谢sob老师的解答，非常感谢。那老师这个距离放在多远是比较合适的？
您的第二个回复：通常情况下这个模型是3-7个苯环的（已经经过验证是合理的），这里主要的特点是3个连续的活性C原子，只要有3个连续的活性C原子，吸附方式通常都是文献里的那个途径，就是第二个NO分子以O-down模式吸附，后来的N原子靠近内侧N原子

sobereva

Abner 发表于 2020-6-20 10:14
首先谢谢sob老师的解答，非常感谢。那老师这个距离放在多远是比较合适的？
您的第二个回复：通常情况下 ...

怎么也应该放在1.5埃以内。参考原子共价半径
建立模型不要卡着极限，否则边界效应强，审稿人很容易质疑你。明明当前体系也不大，多加两个环也不是算不动

Abner

sobereva 发表于 2020-6-21 02:45
怎么也应该放在1.5埃以内。参考原子共价半径
建立模型不要卡着极限，否则边界效应强，审稿人很容易质疑 ...

好的，谢谢sob老师