团簇构型与构象搜索程序Molclus 1.9.2版发布

sobereva

2020-Feb-5日发布了molclus 1.9.2版，更新内容：

• 已支持在振动分析（itask=2）或优化+振动分析（itask=3）之后自动用高精度级别算单点能，从而直接给出较好精度的自由能。具体做法是在当前目录下提供template_SP.gjf（template_SP.inp）文件，设置Gaussian（ORCA）高精度单点计算的关键词，格式同template.gjf（template_SP.inp）。之后，当优化或优化+振动分析任务结束后，程序发现当前目录下有template_SP.gjf（template_SP.inp）时就会用其中的信息构成单点任务文件并调用Gaussian（ORCA）计算，并自动将新的单点能与自由能热校正量相加作为最终能量输出。几个细节：
(a)如果template.gjf和template_SP.inp同时存在，优先考虑template_SP.inp。
(b)opt、opt freq任务用的程序与自动算高精度单点的可以不同，比如iprog=1调用Gaussian时也可以通过提供template_SP.inp来令程序自动调用ORCA算高精度单点。
(c)利用template_SP.gjf基于Gaussian自动算高精度单点时，Gaussian用户还需在settings.ini里对energyterm参数恰当设置，用于指定如何读取这个级别的单点任务输出文件里的能量。

• 为提升灵活性，molclus支持了直接指定设置文件和初始结构文件的路径。例如molclus /RAS/Layer.ini代表将/RAS/Layer.ini作为设置文件。再比如molclus lock.ini /RAS/chu2.xyz代表用当前目录下的lock.ini的设定对/RAS/chu2.xyz里的结构进行计算。

最新版本已可以从molclus官网http://www.keinsci.com/research/molclus.html下载

zsu007

好物，社长威武！

yjmaxpayne

自由能这个太给力了。

wuzhiyi

算热矫正量会做类似goodvibe的修正么？

sobereva

wuzhiyi 发表于 2020-2-5 22:24
算热矫正量会做类似goodvibe的修正么？

不会。molclus直接算像样的自由能目的只是为了最后排序能得到真正热力学角度最稳定的结构，是否考虑这种修正影响甚微。至于如果之后想再进一步得到更精确的自由能可以再手动用那个处理。

后记：目前最新版本的Molclus已经支持和Shermo（http://sobereva.com/soft/shermo、http://sobereva.com/552）联用通过quasi-RRHO模型计算热力学量。Shermo远远比Goodvibes强大好用得多。