[GROMACS] TPPMKTOP生成NH3分子的itp文件的疑问

93 帖子	1 威望	671 eV

积分: 784

Level 4 (黑子)

发消息 Send PM

电梯直达 Go to

楼主

发表于 Post on 2020-5-19 10:28:47 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

|倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model

本帖最后由夜夜衣于 2020-5-19 11:33 编辑

各位老师，我用TPPMKTOP网站生成了NH3的top文件，如图一所示，，然后模拟总是报lincs错误，检查发现键参数有问题，网站生成的Kb和Ka是文献给出的两倍。然后这个top文件我就不敢用了，因为里面还定义了二面角，NH3中为什么会有二面角？我将二面角这部分的定义直接删除（ 2 3 1 4 1 improper_Z_N_X_Y），好像grompp也不报错。我目前有几个工作已经是用带二面角这个定义算了的，这个对我的计算会有影响吗？文献中也没看到有定义二面角的地方。谢谢各位老师！

1589855290(1).png (42.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

收藏 Add to favorites0

回复 Reply

举报 Report

返回列表 Return

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] TPPMKTOP生成NH3分子的itp文件的疑问

浏览过的版块