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本帖最后由 FrancisCho 于 2024-7-22 20:27 编辑
根据GMX官网教程http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/index.html中提供的代码（SMD+US）修改后应用到自己研究的体系（钠/氯离子穿越碳纳米管），计算所得PMF曲线与文献中的结果差异较大：
我在GMX中使用的模型如图2所示，其中碳纳米管质心位置为坐标原点，碳纳米管长度为3nm，在PMF曲线坐标轴上的±1.5nm处为碳纳米管的两端。
目前的问题：
1、期望使用LAMMPS/GMX配合SMD+US计算PMF曲线，也可以使用GMX/LAMMPS+PLUMED/COLVARS计算PMF曲线（之前已阅读付博士的帖子，并修改代码应用到自己的体系中，但计算结果仍与文献中有较大差异）如图三所示；
2、在SMD+US方法计算的PMF曲线中，在碳纳米管外的水分子中的自由能为何异常的高？有时能在（-1.5，1.5）中看到上升的趋势，但是被两端外的异常高曲线所遮盖下去；
3、使用的SMD+US的gmx代码、plumed.dat与colvars.in代码也一并附上，望各位老师批评指正（在论坛上搜索了不少有关GMX计算PMF曲线的代码，除了力常数外大体上一致）。
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PMF.png
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左图为我计算的PMF曲线，右图为文献中计算的PMF曲线
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VMD.png
(381.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)
右边为钠离子（蓝色），碳纳米管中包含水分子
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colvars.png
(15.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)
左图为eABF方法，右图为meta-eABF方法
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colvars.in
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eABF/meta-eABF的COLVARS输入文件
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md_pull.mdp
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gmx的SMD文件
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md_umbrella.mdp
1.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 9
gmx的伞式采样文件
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npt_umbrella.mdp
2.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 4
执行伞式采样前的NPT文件
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plumed.dat
305 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5
使用MeTAD的PLUMED输入文件
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发表于 Post on 2024-7-21 10:37:44
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