求助：editconf将pdb文件转为gro文件的问题

naoki

各位大神，我想请教一个问题。我用editconf将pdb文件转为gro文件（gmx editconf -f interface.pdb -o interface.gro），得到的gro文件最后一行盒子尺寸总显示0.00000   0.00000   0.00000（如图片所示），导致之后做em时GROMACS提示我“ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or decrease rlist”。请问这是什么原因造成的呢，怎么才能让gro有正确的盒子尺寸呢？如果手动改的话，就按照packmol盒子尺寸输入就可以了吗？

naoki

问题已解决，Sob老师在群里回答了：“ 你如果packmol的时候没设add_box_sides，本来pdb里就没有盒子信息，editconf自然也不会瞎给你加盒子
手动改完全莫名其妙”。
输入add_box_sides 1.0就好了，再次感谢Sob老师~

zty

naoki 发表于 2019-1-23 16:48
问题已解决，Sob老师在群里回答了：“ 你如果packmol的时候没设add_box_sides，本来pdb里就没有盒子信息，e ...

感谢分享，鄙视那些发帖求助后不回复抱有相同疑问后来者的楼主。