提问水球碰撞问题

961106

老师您好，我够贱了两个半径为3nm的水球，隔着一段距离，em后，给两个球的水分添加一个相反的速度，让他们做碰撞，用的mdp文件和您讲义上金原子碰撞的一样。发现水球碎裂

现在我想试一下有电荷的影响，于是在一个水球中添加了几个钠离子之后，碰撞模拟则报错了，报错信息显示：A charge group moved too far between two domain decomposition steps

This usually means that your system is not well equilibrated。模拟结果发现两个水球都变成了两个半球，而且位置没有发生改变，想请教老师如何才能在有电荷的情况下，让两个球发生碰撞？谢谢老师，我试了不做em直接碰撞也没有成功。

sobereva

跟加不加离子没什么关系

你先别加速度，看水球能不能维持住。如果不碰撞都会散架，肯定拓扑文件或者mdp有严重问题

961106

sobereva 发表于 2020-2-22 17:42
跟加不加离子没什么关系

你先别加速度，看水球能不能维持住。如果不碰撞都会散架，肯定拓扑文件或者mdp ...

谢谢老师回复，我表述的可能不是很清楚，没加钠离子的时候两个球是碰撞后碎裂的，不是一开始就碎裂的，我按照您的建议把速度去了之后发现两个水球是可以维持球状不破碎的，这是我NVE的mdp文件，请问老师是有什么问题吗？
define =
integrator = md
dt         = 0.001   ; ps
nsteps     = 1000
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 10
nstvout = 10
nstfout = 0
nstlog  = 1000
nstenergy = 10
nstxout-compressed = 0
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
rlist = 1.2
nstlist = 1
cutoff-scheme = group
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 1.2
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.2
DispCorr      = no

sobereva

961106 发表于 2020-2-22 19:20
谢谢老师回复，我表述的可能不是很清楚，没加钠离子的时候两个球是碰撞后碎裂的，不是一开始就碎裂的，我 ...

把碰撞速度设小点再试。

961106

sobereva 发表于 2020-2-22 22:53
把碰撞速度设小点再试。

谢谢老师的建议，我把速度缩小了十倍，又注意到了报错信息里有提示说XXX non-matching atom names，于是修改了topol文件中[ molecules ] 中的顺序，成功碰撞了，两个球碰成了扁平状。
我之后把NVE.mdp里的cutoff-scheme = group修改为verlet，发现碰撞结果变得更加温和，两个球仅仅是部分接触到了一起，还保留了球状

请问老师cutoff-scheme用哪种更合理呢？谢谢老师

sobereva

961106 发表于 2020-2-23 11:19
谢谢老师的建议，我把速度缩小了十倍，又注意到了报错信息里有提示说XXX non-matching atom names，于是 ...

group，并且最好nstlist、rcoulomb、rvdw统一，而且尽量设大一些