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[Gaussian/gview] 几何优化后与文献分子侧链基团方向不一致

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本帖最后由 科研小白0126 于 2024-12-5 14:45 编辑

各位老师好,我在模拟构建文献分子时,发现我所构建出的模型,用molclus结合xtb构想搜索完再优化(机组泛函一致)后烷基醚侧链向内卷曲,与文献向外延伸不一致,这该怎么解决,希望有知道的老师们可以指导一下,万分感谢。

文献结构.PNG (15.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

文献结构

文献结构

优化后结构.PNG (70.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

自己优化完的结构

自己优化完的结构

cluster.zip

253.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

构象搜索后的所有构型

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发表于 Post on 2024-12-5 11:34:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2024-12-5 11:37 编辑

文献的结构没画出氢原子,需要在构建结构时先自己补上再计算。

编辑:不对,cluster.xyz里面的结构是有氢的,请无视这帖
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 11:40:27 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-5 11:34
文献的结构没画出氢原子,需要在构建结构时先自己补上再计算。

编辑:不对,cluster.xyz里面的结构是有 ...

我把氢隐藏了,要不然我怕不易观看

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发表于 Post on 2024-12-5 12:04:22 | 只看该作者 Only view this author
科研小白0126 发表于 2024-12-5 11:40
我把氢隐藏了,要不然我怕不易观看

哦哦,这是先把cluster.xyz转换成了GaussView可读取的什么格式再加载的么?多帧.xyz还是直接用VMD来看的舒服。

一楼这图的卷曲构象只是.xyz里面的第一帧(在VMD里标号为0),后面有好几帧比如VMD中标号22、29、42、43、47等的是侧链比较舒展的。
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 12:16:45 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-5 12:04
哦哦,这是先把cluster.xyz转换成了GaussView可读取的什么格式再加载的么?多帧.xyz还是直接用VMD来看的 ...

但是后面能量去重阈值大于5kcal/mol能用于几何优化以及相关计算吗

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发表于 Post on 2024-12-5 15:49:37 | 只看该作者 Only view this author
文献是计算的结构还是实验的结构?如果是计算的结构,会不会文献没做构象搜索?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2024-12-5 16:30:10 | 只看该作者 Only view this author
科研小白0126 发表于 2024-12-5 12:16
但是后面能量去重阈值大于5kcal/mol能用于几何优化以及相关计算吗

去重阈值怎么能大于5kcal/mol
搞清楚去重的原理。5kcal/mol当做保留的构象的相当能量上限还差不多

如果是晶体结构,别盲目拿真空下的对比
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

如果是文献里的结构,作者如果没做构象搜索就不要拿它当做参考。按照molclus的教程以正确方式计算就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 18:06:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-5 16:30
去重阈值怎么能大于5kcal/mol
搞清楚去重的原理。5kcal/mol当做保留的构象的相当能量上限还差不多

好的老师,感谢老师指导

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 18:06:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-12-5 15:49
文献是计算的结构还是实验的结构?如果是计算的结构,会不会文献没做构象搜索?

是计算的结构但未表明是否进行了构象搜索

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