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[GROMACS] ATB生成拓扑文件一天时间还未出结果正常吗

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各位老师好,我是做MD的新人,现已按Sob大的教程,截取了PDB上的小分子配体,由于没找到破解版的Gaussview所以用Open Bable自动加上了氢,最后将配体提交到ATB网站在线生成拓扑。
然后到现在快一整天了还没算好,这是正常现象吗?

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发表于 Post on 2020-3-10 19:42:54 | 只看该作者 Only view this author
正常

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-10 21:27:03 | 只看该作者 Only view this author

谢谢,那我再继续等等

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发表于 Post on 2020-3-11 07:07:54 | 只看该作者 Only view this author
有时候排队俩计算要很久,一个礼拜都有可能

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-11 08:32:51 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2020-3-11 07:07
有时候排队俩计算要很久,一个礼拜都有可能

好滴,多谢解惑

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发表于 Post on 2020-3-11 11:23:34 | 只看该作者 Only view this author
如果不是非得基于GROMOS96系列力场,还不如用acpype,只要不要求做优化和自动算电荷的话,你这种大小的体系拓扑文件几秒钟就能搞完。之后用Multiwfn算个RESP电荷补进去也花不了多少时间(见http://sobereva.com/441),而且比起ATB给的电荷质量明显更好。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-11 13:35:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-11 11:23
如果不是非得基于GROMOS96系列力场,还不如用acpype,只要不要求做优化和自动算电荷的话,你这种大小的体系 ...

非常感谢Sob老师指点迷津,之前从您的指南了解到基于Multiwfn算RESP是最准的,我目前也正根据您的教程来执行这种方法

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