求助 gromacs突然变成了mpi并行

土拔鼠 · 发表于 Post on 2019-11-2 23:30:58

我之前编译的 Gromacs不知道最近突然变成了并行版本的可能我描述的有问题举个例子就是

之前我是这么输入的" gmx mdrun XXXXX XXXXX -nt 10 "提交是没有问题的现在这么提交之后显示报错如图 1 所示

我现在只能改成" gmx mdrun XXXXX XXXXX -ntmpi 1 "这种命令但一下就是36核在跑
我查了一下可能是因为我在设置别的软件环境变量的时候对gromacs造成了影响

1. 请问这种情况我只能删了之前的gmx再重新装吗还是可以通过改变环境变量设置

2. 另外想请教一下网上有人建议这种情况用module load来加载环境变量这样能避免相互影响请问论坛里的老师有相关的教程可以推荐一下吗

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-11-3 00:04:04

本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-11-3 02:12 编辑

只用一个mpi rank的话，可以-ntmpi 1 -ntomp 36
用两个mpi rank的话，可以-ntmpi 2 -ntomp 18
以此类推
如果只想用一个mpi rank 和10个openMP thread 可以-ntmpi 1 -ntomp 10

土拔鼠 · 发表于 Post on 2019-11-3 00:23:29

wuzhiyi 发表于 2019-11-3 00:04
只用一个mpi rank的话，可以-ntmpi 1 -ntomp 36
用两个mpi rank的话，可以-ntmpi 2 -ntomp 18
以此类推

嗯嗯太感谢你啦
-ntmpi 1 -ntomp 10 和 -nt 10 是一样的吧

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-11-3 02:12:03

土拔鼠发表于 2019-11-3 00:23
嗯嗯太感谢你啦
-ntmpi 1 -ntomp 10 和 -nt 10 是一样的吧

看你的OMP_NUM_THREADS之类的变量有没有设置吧

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-3 07:27:08

土拔鼠发表于 2019-11-3 00:23
嗯嗯太感谢你啦
-ntmpi 1 -ntomp 10 和 -nt 10 是一样的吧

不一定一样
只用-nt指定的时候有的时候会自动用多个thread MPI进程

王寓于 · 发表于 Post on 2020-3-5 13:20:38

我也遇到了和你类似的问题，提示里大概是说建议我增加MPI数，openMP设置1-6比较合适。我的是24核，请问是不是写成-ntmpi 4 -ntomp 6比较合适？

土拔鼠 · 发表于 Post on 2020-3-5 18:53:44

王寓于发表于 2020-3-5 13:20
我也遇到了和你类似的问题，提示里大概是说建议我增加MPI数，openMP设置1-6比较合适。我的是24核，请问是不 ...

我之前的问题可能是环境变量设置冲突了后来我用的module load XXX 去避免的这种问题

如果不想改可以试一试各种组合我们服务器的硬件可能有区别

王寓于 · 发表于 Post on 2020-3-5 19:12:39

请问一下这种情况理论上是不是满核运行时的效率最好，浪费最小？

土拔鼠 · 发表于 Post on 2020-3-5 20:19:29

王寓于发表于 2020-3-5 19:12
请问一下这种情况理论上是不是满核运行时的效率最好，浪费最小？

我没有试过满载CPU的情况我一般是配合GPU去算的一般分配十核就可以达到最大速度核数再高性能反而下降你可以试一下纯CPU是什么状况

王寓于 · 发表于 Post on 2020-3-6 09:03:51

土拔鼠发表于 2020-3-5 20:19
我没有试过满载CPU的情况我一般是配合GPU去算的一般分配十核就可以达到最大速度核数再高性能反而下降 ...

你能把你的命令那行发给我做一下参考吗吗？我想先把练习做下去，后面再考虑逻辑逻辑问题，谢谢。

土拔鼠 · 发表于 Post on 2020-3-6 16:38:30

王寓于发表于 2020-3-6 09:03
你能把你的命令那行发给我做一下参考吗吗？我想先把练习做下去，后面再考虑逻辑逻辑问题，谢谢。

gmx mdrun -deffnm md -gpu_id 0 -nt 10 -pin on -v

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