隐式溶剂模型下如何观看或着计算溶质与溶剂分子极性部分

刘士晗 · 发表于 Post on 2020-3-12 20:15:42

sob老师您好，之前看过您谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算一文，里面有提及过溶剂效应可分为极性和非极性部分。极性部分体现出溶剂-溶质间的静电相互作用，也包括溶剂对溶质电子分布的极化，这是隐式溶剂模型的主体。我想请教一下高斯是否可以计算出来这两者的贡献，或着是否有其他的程序可以表征。我是想解决在不同溶剂下同一反应的相对自由能有很大差异的原因，想看看是溶质跟溶剂的静电作用导致的还是极化作用导致的。

tjuptz · 发表于 Post on 2020-3-12 21:30:38

APBS了解下

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-13 03:28:25

“这两者的贡献”指代不明，应当说清楚什么形式的贡献

诸如你要考察极性和非极性面积，参考此文
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518（http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html）

如果图形化考察表面静电势（静电势越大的区域通常对溶解自由能的静电部分影响越大），参看
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

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[综合交流] 隐式溶剂模型下如何观看或着计算溶质与溶剂分子极性部分

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