计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13696|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 求助:如何寻找能量最低结构

[复制链接 Copy URL]

61

帖子

0

威望

396

eV
积分
457

Level 3 能力者

我是量子化学初学者,目前在学gaussian09和Gromacs,遇到一个问题就是,不确定高斯优化出来的是否是能量最小结构,因为这与初始构型有一定关系,我从文献中能查到一些已知的构型,但仍有部分需要计算的分子找不到参考的文献,初始构型不知如何摆放,因为这会影响优化出来的结构。想请教一下大家.还有就是想知道这种优化出来的极小构型,和实际上能量最低的构型,分别对后续进行一些能量计算,性质预测,有多大的影响,有什么影响。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
ruixie + 1

查看全部评分 View all ratings

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-9-2 22:06:54 | 只看该作者 Only view this author
需要做构型/构象搜索。用免费的molclus轻易解决,仔细看了下文就明白了

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

61

帖子

0

威望

396

eV
积分
457

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-3 11:14:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-2 22:06
需要做构型/构象搜索。用免费的molclus轻易解决,仔细看了下文就明白了

使用molclus程序做团簇构型搜索 ...

好的,谢谢sob老师,还有关于这个程序调用的问题,因为我的gromacs是用虚拟机装在Linux下,gaussian是装在windows下,这个molclus,我应该安装在什么系统下,是不是所有软件都要安装在同一个系统下以方便调用,linux吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2019-9-4 01:53:45 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2019-9-3 11:14
好的,谢谢sob老师,还有关于这个程序调用的问题,因为我的gromacs是用虚拟机装在Linux下,gaussian是装 ...

molclus运行过程中要调用第三方程序做各种任务,你的第三方程序是什么系统的,molclus就放在什么系统下。诸如你要让molclus调用Gaussian,若你只有linux版Gaussian,那显然molclus就应当在你的linux虚拟机里用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

61

帖子

0

威望

396

eV
积分
457

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-26 00:57:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-28 00:28 编辑

sob老师,你好,关于能量最低构型的寻找,在画初猜分子的时候我一点疑惑。我是离子液体,由阴阳离子组成,这是具有一定的摩尔比例的,我有一些是1比1的,我画一个阴离子,一个阳离子即可,但我有些比例是3:7,这种比例,我用Gaussview应该如何画这个复合物啊?或者我使用gemmer,发射600个的A和1400个B(3比7),然后取团簇结构?这样可行吗?应该取多少呢?1000吗?我应当如何去研究这个3:7的比例。以区分它和1:1的区别啊

其它溶剂的情况就是1000个A和1000个B,取1000个结构。。。


补充问一下,关于使用 RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVPP算单电时,需要加弥散函数的情况,要不要用ma-,因为我不记得在哪个博文中看到,好像QZVPP已经足够大,不需加弥散,想确认一下。




6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2020-3-28 06:04:08 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-3-26 00:57
sob老师,你好,关于能量最低构型的寻找,在画初猜分子的时候我一点疑惑。我是离子液体,由阴阳离子组成, ...

对于3:7的情况,根本不可能去寻找什么能量最低构型,至多只能说是去找阳离子和阴离子数目恰好是3:7的团簇能量最低构型,诸如30个阳离子、70个阴离子构成的团簇。但是这种情况构型空间太大,基本不可能去找到能量最低构型,而且就算找到了也没什么实际意义。

对于中性体系算弱相互作用,def2-QZVP就已经足够大而不需要加弥散函数了。但对于阴离子体系,QZ档次能描述的半弥散效应仍然不足以充分描述阴离子的电子结构,算能量时仍然需要加弥散函数。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

61

帖子

0

威望

396

eV
积分
457

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-28 12:38:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-29 13:27 编辑
sobereva 发表于 2020-3-28 06:04
对于3:7的情况,根本不可能去寻找什么能量最低构型,至多只能说是去找阳离子和阴离子数目恰好是3:7的团簇 ...

好的,谢谢sob老师,我主要是想找到结构后,进行能量分解,探讨结合能的各个成分
假设第一种情况A:B=1:1,我使用一个阳离子。一个阴离子即可
假设第二种情况A:B=1:2,我使用一个阳离子。二个阴离子
假设第三种情况A:B=3:7,我使用三个阳离子。七个阴离子
请问这三种团簇类型是否具备可比性,做的能量分解是否有对比意义?尤其是第三种这种奇怪比例的,不知道前人是不是有过先例??动力学倒是容易解决,量化上如何讨论其结合能和其成分呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2020-3-31 02:56:55 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-3-28 12:38
好的,谢谢sob老师,我主要是想找到结构后,进行能量分解,探讨结合能的各个成分
假设第一种情况A:B=1:1 ...

显然结合能大小是3>2>1
如果想和实际问题联系起来,应当做类似于归一化处理使之有可比性,而不由于分子数的差异导致数量级的不同。具体怎么做还得结合实际情况、研究目的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

61

帖子

0

威望

396

eV
积分
457

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-1 12:02:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-4-2 11:26 编辑
sobereva 发表于 2020-3-31 02:56
显然结合能大小是3>2>1
如果想和实际问题联系起来,应当做类似于归一化处理使之有可比性,而不由于分子 ...

研究目的想对其进行能量分析,研究成分等不同,与现有实验数据对比看看是否有规律
关于归一化处理,您的意思是统一团簇单体总数是吗?就1:1就是5阴5阳,3:7是3阴7阳吗??

61

帖子

0

威望

396

eV
积分
457

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-2 11:32:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-4-3 13:39 编辑

为了使之可对比结合能组成。
1.请问应该统一团簇单体总数是吗?就1:1就是5阴5阳,3:7是3阴7阳吗??
2.请问同种粒子,5阴5阳与,1阴1阳,组成成分比例之间关系是否有质变?大多数文献做的是1阴1阳,简单的结合能不可以直接对比,能否以静电/总结合能的比值与其它文献作对比?
请问上述问题如何解决?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2020-4-4 05:18:20 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-4-1 12:02
研究目的想对其进行能量分析,研究成分等不同,与现有实验数据对比看看是否有规律
关于归一化处理,您的 ...

可以这么说

如果涉及到单位体积中的作用能,那还得考虑不同比例情况下占的体积


如果你最重要和凝聚相实验对比,其实拿团簇模型没法充分说明问题,得做动力学计算才行。当前当做孤立体系来算,只能是试图近似解释实验,如果解释不好,说明当前的模型考虑得太简单了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

61

帖子

0

威望

396

eV
积分
457

Level 3 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-4 13:00:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-4 05:18
可以这么说

如果涉及到单位体积中的作用能,那还得考虑不同比例情况下占的体积

确实是凝聚相实验(毕竟是离子液体作为溶剂)
我这部分计算,就是量化也做,MD也做,主要探讨结合能(静电,范德华等)相互印证结果
MD部分,比例好解决,直接做即可,关键量化,这孤立体系,1:1,和3:7的不知如何比较

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 03:30 , Processed in 0.168395 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list