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[GROMACS] 请问用Gromacs做蛋白与小分子之间的作用机理,怎么计算蛋白β-strand的概率?

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请教各位老师一个问题,本人现用Gromacs做小分子与蛋白之间的动力学模拟,使用DSSP脚本可以计算出蛋白二级结构(包括coil,β-sheet,β-bridge,bend,turn和α-Helix等)的概率,但是没法计算β-strand的概率,请问怎么计算蛋白β-strand的概率?十分感谢您的回答!

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发表于 Post on 2023-2-21 18:16:15 | 只看该作者 Only view this author
xvg文件放到excel手动计算

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发表于 Post on 2023-2-22 04:15:44 | 只看该作者 Only view this author
弄清楚β-sheet和β-strand关系就明白了
https://en.wikipedia.org/wiki/Beta_sheet
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-22 10:25:32 | 只看该作者 Only view this author
2535882172 发表于 2023-2-21 18:16
xvg文件放到excel手动计算

请问老师具体的算法是怎样的呢?我从xvg文件只能算出β-sheet的概率,如下图,用某个时间点的圆圈内数值除以蛋白总氨基酸数(即下划横线包含的数值相加)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-22 10:29:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-22 04:15
弄清楚β-sheet和β-strand关系就明白了
https://en.wikipedia.org/wiki/Beta_sheet

那不同β-strand length的概率怎么计算呢,麻烦sob大佬指点下!

微信图片_20230222102948.png (32.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

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发表于 Post on 2023-2-23 03:58:53 | 只看该作者 Only view this author
jiaxing6821 发表于 2023-2-22 10:29
那不同β-strand length的概率怎么计算呢,麻烦sob大佬指点下!

β-strand length就是所有残基都被归属为beta-sheet的那一段的残基数,DSSP或者VMD自带的stride都可以给你各个残基所属二级结构。自己写个程序,计算每一帧里各个β-strand length,做个概率统计就出来了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-25 09:21:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-23 03:58
β-strand length就是所有残基都被归属为beta-sheet的那一段的残基数,DSSP或者VMD自带的stride都可以给 ...

谢谢sob老师!

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