[GROMACS] 求助计算扩散系数时拟合时间段选取的问题

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发表于 Post on 2020-4-18 22:33:22 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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各位前辈老师，请教一个问题，我在做碳纳米管内气体富集的课题，想计算在碳纳米管内部达到饱和吸附时管内气体分子的扩散系数。具体建模的时候，我构建了一个周期性碳管，里面填充了气体，然后进行了10ns的模拟（NVE），前5ns平衡，后面5ns来输出msd（如图），我应该根据哪一段时间内的msd来计算扩散系数？谢谢各位！

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