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[GROMACS] 求助:用g_mmpbsa计算结合能时极性溶剂化能太大

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本帖最后由 芮啦 于 2021-6-4 11:00 编辑

各位老师好,我现在刚开始学习使用g_mmpbsa计算结合能,但是在得到的结果中极性溶剂化能特别大,请问各位老师在计算前需要对轨迹进行特别的处理吗

我用g_mmpbsa计算一个适配体和一个金属离子的结合能,在一步计算结合能中需要输入计算参数文件,在极性溶剂化能的输入参数中有溶液中的正负电荷,正负电荷离子的半径,正负电荷离子的浓度等。我的体系中带正电荷的离子不止一种,所以在此想请教各位老师,在输入参数中的正电荷离子半径应该怎么填呢,可以直接使用官网提供的参数文件吗

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