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[新手求助] 初学高斯请教一个二面角扫描问题

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大家好,初学高斯请教一个问题,下面这个图是怎么做的?

QQ截图20150904202326.png (49.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 97)

QQ截图20150904202326.png

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发表于 Post on 2015-9-4 22:25:15 | 只看该作者 Only view this author
是二面角柔性扫描吗?
%chk=8541.chk
# opt=modredundant b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

8541

0 1
C              
O                  1            B1
H                  1            B2    2            A1
C                  1            B3    2            A2    3            D1    0
C                  4            B4    1            A3    2            D2    0
H                  4            B5    1            A4    2            D3    0
H                  5            B6    4            A5    1            D4    0
C                  5            B7    4            A6    1            D5    0
H                  8            B8    5            A7    4            D6    0
H                  8            B9    5            A8    4            D7    0
H                  8           B10    5            A9    4            D8    0

   B1             1.25840000
   B2             1.07000000
   B3             1.54000000
   B4             1.35520000
   B5             1.07000000
   B6             1.07000000
   B7             1.54000000
   B8             1.07000000
   B9             1.07000000
   B10            1.07000000
   A1           120.00000000
   A2           120.00000000
   A3           120.00000000
   A4           120.00000000
   A5           120.00000000
   A6           120.00000000
   A7           109.47122063
   A8           109.47122063
   A9           109.47122063
   D1          -180.00000000
   D2           180.00000000
   D3            -0.00000000
   D4            -0.00000000
   D5           180.00000000
   D6            90.00000000
   D7          -150.00000000
   D8           -30.00000000

1 2 2.0 3 1.0 4 1.0
2
3
4 5 2.0 6 1.0
5 7 1.0 8 1.0
6
7
8 9 1.0 10 1.0 11 1.0
9
10
11

D 1 4 5 8 180.0 S 18 ±10.0
应该是这样的吧!! PS:第一次回答问题。


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发表于 Post on 2015-9-4 23:45:28 | 只看该作者 Only view this author
最后不能写±10.0,要么+10.0要么-10.0
这种问题一试就知道。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-5 11:20:19 | 只看该作者 Only view this author
tjuchan 发表于 2015-9-4 22:25
是二面角柔性扫描吗?
%chk=8541.chk
# opt=modredundant b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

非常感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-5 11:20:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-4 23:45
最后不能写±10.0,要么+10.0要么-10.0
这种问题一试就知道。

非常感谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-5 19:19:53 | 只看该作者 Only view this author
tjuchan 发表于 2015-9-4 22:25
是二面角柔性扫描吗?
%chk=8541.chk
# opt=modredundant b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

您好,初学高斯,请问下扫描图能通过Gaussview看到?谢谢!

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发表于 Post on 2015-9-5 19:51:56 | 只看该作者 Only view this author
fzmn 发表于 2015-9-5 19:19
您好,初学高斯,请问下扫描图能通过Gaussview看到?谢谢!

可以吧,右键results有个scan应该会出来!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-6 11:40:10 | 只看该作者 Only view this author
tjuchan 发表于 2015-9-5 19:51
可以吧,右键results有个scan应该会出来!

嗯,请问下为什么我的横坐标是步数不是扭转角的度数?

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发表于 Post on 2015-9-6 13:53:43 | 只看该作者 Only view this author
fzmn 发表于 2015-9-6 11:40
嗯,请问下为什么我的横坐标是步数不是扭转角的度数?

没算完?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-6 14:59:44 | 只看该作者 Only view this author

嗯,没有算完,中断了,我想是不是我参数设置的问题?您做过这方面吗?初始二面角应该怎么设置?看好多文献扫描图都是从-180到180,非常感谢!

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发表于 Post on 2015-9-6 21:28:28 | 只看该作者 Only view this author
fzmn 发表于 2015-9-6 14:59
嗯,没有算完,中断了,我想是不是我参数设置的问题?您做过这方面吗?初始二面角应该怎么设置?看好多文 ...

没算完或者中途查看的话应该是只显示步数,你也可以自己乘以你的步长。初始二面角不是就设置成为你优化完后的二面角吗?G09D版本应该不需要设置初始二面角吧

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发表于 Post on 2015-9-6 21:32:24 | 只看该作者 Only view this author
tjuchan 发表于 2015-9-6 21:28
没算完或者中途查看的话应该是只显示步数,你也可以自己乘以你的步长。初始二面角不是就设置成为你优化完 ...

大致分两段后-180°前加180°,步长10°,扫描36+2(原点)应该就完事了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-6 21:48:09 | 只看该作者 Only view this author
tjuchan 发表于 2015-9-6 21:32
大致分两段后-180°前加180°,步长10°,扫描36+2(原点)应该就完事了!

分两段是什么意思?刚学高斯不太懂,我用的是G09W,优化后的二面角是165度,怎么分段呢?非常感谢您的回答!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-6 22:32:40 | 只看该作者 Only view this author
tjuchan 发表于 2015-9-6 21:32
大致分两段后-180°前加180°,步长10°,扫描36+2(原点)应该就完事了!

您好,请问我优化的二面角是165度,怎么扫描才能使扫描图的横坐标是-180到180?非常感谢您,打扰您啦,初学高斯真是不懂,谢谢!

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发表于 Post on 2015-9-7 02:50:09 | 只看该作者 Only view this author
给你个例子,双氧水二面角从0扫到360度

  1. # b3lyp/sto-3g opt=modredundant

  2. Title Card Required

  3. 0 1
  4. O
  5. H                  1              B1
  6. O                  1              B2    2              A1
  7. H                  3              B3    1              A2    2              D1

  8.    B1             0.96000000
  9.    B2             1.32000000
  10.    B3             0.96000000
  11.    A1           109.50000006
  12.    A2           109.50000006
  13.    D1           0.0

  14. 4 3 1 2 S 18 20.0
复制代码



你之前优化后的二面角是多少和当前问题没关系。你得把先手动把二面角摆成扫描时的初始值(上例是0度)。

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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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