求助：关于polyporph结构预测时计算氢键能量的问题

zzzzvoid · 发表于 Post on 2020-4-22 20:43:48

请问：首先通过forcite在compass力场下对搭建构型进行了结构优化
然后用polymorph版块对优化后的构型进行预测的时候显示出的氢键能量为0
怎么才能计算出氢键能量呢是需要换力场么还是在哪个板块分析一下什么？谢谢各位

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-23 06:11:42

我并不怎么用这个程序。要注意的是有的力场有单独的氢键项，有的力场没有。没有单独氢键项的力场通过描述静电作用等效体现出氢键的实际效果。如今绝大多数力场都没有单独的氢键项。

zzzzvoid · 发表于 Post on 2020-4-23 10:51:26

sobereva 发表于 2020-4-23 06:11
我并不怎么用这个程序。要注意的是有的力场有单独的氢键项，有的力场没有。没有单独氢键项的力场通过描述静 ...

好的谢谢大佬

zzzzvoid · 发表于 Post on 2020-4-24 10:39:51

请问：用forcite版块在compass力场下优化了几个构型然后用polymorph预测结构时氢键能量显示为0
想问一下在compass力场下怎么研究氢键的问题如果说compass将其考虑到非键能中该怎么分析
或者需不需要换成dreiding力场计算氢键能量
感谢各位！

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-25 01:06:35

zzzzvoid 发表于 2020-4-24 10:39
请问：用forcite版块在compass力场下优化了几个构型然后用polymorph预测结构时氢键能量显示为0
想问一下 ...

类似问题不要单独发帖，给你合并了

你先仔细看原文搞清楚力场的形式，不要靠猜。即便是dreiding也没有单独的氢键项。
弄清楚力场的定义才可能正确理解输出信息的含义、进行正确的分析。
氢键作用的效果在一般的分子力场中是靠静电作用（为主）和范德华作用（为辅）一起等效地描述的。

仔细看此文了解氢键的主要本质是什么
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

zzzzvoid · 发表于 Post on 2020-4-25 19:40:15

sobereva 发表于 2020-4-25 01:06
类似问题不要单独发帖，给你合并了

你先仔细看原文搞清楚力场的形式，不要靠猜。即便是dreiding也没有 ...

好的好的下次记住了谢谢老师

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求助：关于compass力场下的氢键问题

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