如何构建水-石墨烯内坐标和势能面扫描

陈明mchen · 发表于 Post on 2020-4-27 23:43:15

本帖最后由陈明mchen 于 2020-4-28 12:27 编辑

我希望做水分子的偶极矩与z轴的夹角以及水分子的平面与z轴的夹角的二维势能面的柔性扫描，但是在如何构建这种内坐标时遇到困惑。
我通过在石墨烯平面添加虚原子，可以构建一个z轴，但是在如何构建（1）偶极矩与z轴夹角（2）水分子平面的z轴夹角方面存在疑问。

snljty · 发表于 Post on 2020-4-28 00:28:33

Gaussian16可以用GIC

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-28 07:34:19

你得说清楚是刚性还是柔性扫描，做法相当不同

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-4-28 07:43:06

抱歉我跟个与主题无关的问题，请问您这个石墨烯平面是怎么构建出来的啊

陈明mchen · 发表于 Post on 2020-4-28 08:32:55

sobereva 发表于 2020-4-28 07:34
你得说清楚是刚性还是柔性扫描，做法相当不同

抱歉没能将问题问清楚
我希望做一个柔性扫描，感谢sob老师！

陈明mchen · 发表于 Post on 2020-4-28 08:34:18

Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-28 07:43
抱歉我跟个与主题无关的问题，请问您这个石墨烯平面是怎么构建出来的啊

你好，我的石墨烯结构是这样的。

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-4-28 08:49:26

陈明mchen 发表于 2020-4-28 08:34
你好，我的石墨烯结构是这样的。

好的非常感谢您！祝您生活愉快

snljty · 发表于 Post on 2020-4-28 09:09:28

Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-28 07:43
抱歉我跟个与主题无关的问题，请问您这个石墨烯平面是怎么构建出来的啊

use vmd

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-4-28 11:04:52

snljty 发表于 2020-4-28 09:09
use vmd

thanks a lot !

diffcwmol · 发表于 Post on 2020-4-28 19:00:39

snljty说的对，用GIC定义你需要的变量，如偶极矩与z轴的夹角等，做限制性优化。请参考http://sobereva.com/404。
你是冯老师的博士？

陈明mchen · 发表于 Post on 2020-4-30 09:27:00

diffcwmol 发表于 2020-4-28 19:00
snljty说的对，用GIC定义你需要的变量，如偶极矩与z轴的夹角等，做限制性优化。请参考http://sobereva.com/ ...

您好，非常感谢您的建议。
我查了下，GIC定义是Gaussian 16新添加的功能。
我目前使用的是G 09版本

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