计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1359|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 有关磷酸分子力场拟合问题?

[复制链接 Copy URL]

8

帖子

0

威望

259

eV
积分
267

Level 3 能力者

本帖最后由 hfc 于 2023-6-28 20:15 编辑

DOI: 10.1002/jcc.10262文章中,使用了HF/6-31+G*结合MTP、MDP模型,进行Torsion扫描,开发了磷酸有机小分子的amber力场。但是经过在描述ATP与MG离子3配合2配的问题中出现了定性的错误(实验证明两者的delta G=0,随着距离的变大,ATP与MG的配位从C3到了C2)。我们使用了更加复杂的模型,简称Rib. 在B3LYP(D3)/6-31+G*结合PCM model进行Torsion扫描,使用PB/MM拟合QM势能面相关性达到了(99%)。所得到的力场文件去跑MD发现PMF依旧没有达到我的预期(图中的黑线)。我的问题有如下
1. EMM=(ESCRF-EPB)即用MM去拟合QM(SCRF)-PB的差,这样的做法是否科学?(使用溶剂化是因为这个体系在真空中扫描会存在不合理的氢键,这个是我们不想看到的,这些氢键在蛋白质环境中不应该出现,并且很多点是无法优化成功)
2. 如果我是用SCRF优化的结构,用真空再进行计算能量,再进行拟合,这样做法合理吗?(PB的误差很大,Rib存在-4个电荷)是否会存在doublecount的问题(我自己觉的没有)?
3. 力场拟合过程中,角度能否和二面角一起拟合?角度的平衡值,能否取扫描的平均值?
4. 小分子力场拟合还需要考虑到什么别的问题吗?(二面角之间的耦合?)

202306281952173847..png (36.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

Rib模型

Rib模型

202306281951211876..png (21.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

Rib模型所计算的PMF

Rib模型所计算的PMF

202306281940224045..png (62.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

原始文献的PMF

原始文献的PMF

202306281906587153..png (88.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

MTP、MDP模型

MTP、MDP模型

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 18:26 , Processed in 0.189538 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list