计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11677|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[量化理论] 给基组以even-tempered方式增加弥散函数的工具adddiffuse

[复制链接 Copy URL]

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
给基组以even-tempered方式增加弥散函数的工具adddiffuse
Adddiffuse: A tool for adding diffuse functions to a basis set in even-tempered manner

文/Sobereva@北京科音
First release: 2016-Sep-23   Last-update: 2023-Jul-3


有的基组本身没弥散函数,或者虽然有弥散函数但只有一层,比如aug-cc-pVTZ,而对于精确计算超极化率、里德堡激发态的目的一层弥散函数不够。

有一种构建基组的方式称为even-tempered,即相邻GTF的指数是成比例的。若当前基组中某个角动量函数中指数最小的是ζ(n),第二小的是ζ(n-1),则这个角动量的弥散函数的指数应当为ζ(n)*[ζ(n)/ζ(n-1)]。

例如aug-cc-pVTZ对碳的三层D极化函数的指数:
1.0970000
0.3180000
0.1000000
指数最小的两个的比例是0.1/0.318=0.314,因此,再增加一层弥散函数(构成d-aug-cc-pVTZ),指数应当为0.1*0.314=0.0314,如果再增加一层(构成t-aug-cc-pVTZ),就是0.1*0.314^2=0.00986。

笔者写的adddiffuse是用来按照上述方式增加弥散函数的。下载地址:http://sobereva.com/soft/adddiffuse.zip。其中带.exe后缀的是Windows版可执行文件,无后缀的是Linux版可执行文件。需要源程序可以直接联系我。

启动后需要输入含有Gaussian格式的基组定义的文件。可以从EMSL上拷出来放到文本文件里。文件中可以包含多个元素,每个元素末尾都要有****。压缩包里的aug-cc-pVTZ.txt就是个例子。启动程序后,输入这个文件名,然后选择要增加几层弥散函数,以及对什么角动量增加弥散函数(比如只增加S、P、D弥散就输入SPD,如果输入A就对所有角动量都增加弥散)。然后程序就会在当前目录下产生new.txt,这是添加弥散函数后的Gaussian格式的基组定义。

new.txt里面每个元素前头多了个负号,这样做的好处是,用gen使用自定义基组的时候,若把一堆元素的基组定义放在坐标后头,即使其中有的元素没有在当前计算中出现Gaussian也不会报错。adddiffuse不支持SP壳层。如果某个角动量只含一层基函数,则adddiffuse也不会对之增加弥散函数。

或许有人觉得这程序没多大用,因为用计算器点几下就得到弥散函数的指数了。但是,当你同时需要对多个基组、多个元素都增加一层乃至更多层弥散的时候,手工去弄就很痛苦了,还容易出错。

此程序一个重要用处是基于EMSL上的aug-的Dunning相关一致性基组产生d-aug-和t-aug-版本。虽然EMSL上也有d-aug-的定义,但是撰文时只对前两周期有定义,而t-aug-则在EMSL上根本没有。另外,虽然Gaussian里面内置了d-aug-的定义,比如写CCSD/daug-cc-pVTZ,但是其最外层弥散函数的指数和EMSL上的不符。EMSL上的d-aug-的最外层指数是通过上述even-tempered方式构建的,而Gaussian里的不知道怎么来的,大抵没even-tempered方式构建的合理。

评分 Rate

参与人数
Participants 4
eV +20 收起 理由
Reason
978142355 + 5 牛!
captain + 5 谢谢
jliang + 5 好物!
我本是个娃娃 + 5 好物!

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

2479

帖子

11

威望

6864

eV
积分
9563

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2016-9-23 22:10:51 | 只看该作者 Only view this author
大宝博士知识的渊博,我等实在是无法望其项背

40

帖子

0

威望

1019

eV
积分
1059

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2016-9-24 09:29:14 | 只看该作者 Only view this author
sob老师真伟大!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-3 03:09:06 | 只看该作者 Only view this author
发现此文的程序存在一个bug,某些情况下只选择部分角动量时加的指数是错的。已更新了本文的程序。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 04:26 , Processed in 0.160245 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list